县（市）、区级新农合管理机构人员工资及办公经费要纳入同级财政预算予以全额保障。对于参合农民低于10万人的县（市）、区，原则上公用经费按照不低于10万元的标准安排；高于10万人的，公用经费按照不低于15万元的标准安排，具体标准由各县（市）、区结合实际确定。各级财政部门要切实保障新农合经办机构经费及时拨付，确保新农合工作有效开展。同时，要出资解决新农合经办机构自有办公场所和交通工具等基础问题，2012年底前各新农合经办机构要全部拥有自有场所办公，建立“一站敞开式”办公服务模式和实行“信息化监管”的管理机制。
五、强化监管，确保安全有效运行
各县（市）区要认真执行国家和省、市制定的新农合基金财务管理制度，从参合基金的筹集、拨付、存储、使用、监察等环节着手，规范监管措施。要建立有效的管理制约机制，进一步建立健全新农合管理机构，配齐配强人员，明确和强化新农合管理办公室监管职能，加强对定点医疗机构的管理。新农合管理办公室为全额拨款事业单位，工作人员相关待遇参照卫生行政部门并享受特殊津贴补助，切实保证监管职能的充分发挥。
要进一步明确基金性质。新农合基金是对参合人员医药费用进行补偿的专项资金，不同于一般性质的财政资金和其它医疗基金，具有明确的使用范围，未经市新农合协调领导小组同意，不能直接委托（或变相委托）商业保险机构管理或与其它医疗保障制度并轨运行。基金使用和管理必须做到专款专用和专帐存储，必须坚持政府主管、卫生负责、部门配合、齐抓共管的管理机制，做到账款分离，封闭运行，确保年度参合基金、沉淀基金及利息全部用于参合农民医疗补偿。严禁任何单位和个人挤占、挪用、截留参合基金。探索建立单病种限价管理和定额支付试点工作，门诊统筹可采取包干预拨的办法，实行“一般诊疗费”定额补助及预拨管理。严禁改变基金用途直接补助（或变相补助）基层医疗机构，严禁委托（或变相委托）定点医疗机构管理和使用基金，严厉查处各种违规行为。
继续实行三级公示制度，畅通监督举报渠道。审计、纪检、财政等相关部门要定期开展基金专项检查工作，探索农民参与监督和民主管理的长效机制，保证农民的知情权和监督权。全面建立基金管理及住院患者信息的暗查暗访制度。要明确岗位职责和人员分工，不允许由一人办理基金支付的全过程。要将定点医疗机构的新农合办公室与医疗服务相分离，实行相对独立的管理，强化各级管理机构的监管职能。市新农合协调领导小组办公室要充分发挥业务指导和综合监管职能，不断加强对各县（市）、区的监管力度，采取有效措施，规避各种风险，保证基金运行安全。
