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市环保局：负责建立三峡库区重庆流域水环境污染和生态破坏事件预警系统；负责对违反环境保护法律法规排放污染物造成突发环境污染事件的调查、处理；组织对三峡库区重庆流域水环境污染事件实施监测，对污染扩散进行预测，按市政府授权发布重大预警信息，提出特别重大预警信息建议以及防止事态扩大和控制污染蔓延的建议，并做好处置过程中污染态势的实时监控；涉及跨省界污染的，协调相邻省市环保部门互通入境、出境断面水质异常情况，并提请当地政府做好污染处置准备。
市安监局：指导区县（自治县）和有关企业做好水环境污染和生态破坏事件的预防；指挥、协调安全生产应急救援处置，牵头组织三峡库区重庆流域水环境污染和生态破坏事件的调查工作；收集、上报信息。
市公安局：负责侦破放射源丟失、被盗案件；做好因车辆运输发生有毒有害物品泄漏、遗散及因交通事故引起的三峡库区重庆流域水环境污染和生态破坏事件中交通事故等直接原因的调查；负责事件现场警戒、道路交通管制、维护事件现场的治安和组织人员疏散。
市卫生局：负责组织医疗救护；实施卫生防疫工作；负责对生活饮用水污染事故预防和监督管理；提出污染水源水质能否饮用的建议，做好卫生监测。
市农委：负责对农作物和家畜家禽受灾情况实施监测；负责渔业水体、农作物大面积受损等的调查处理；协助做好农村地区突发事件的善后处理工作。
市交委：负责对放射源、危险化学品、危险固体废弃物等运输可能引发突发环境事件的预防和应急处置；负责抢险救援所需设施、设备调运，协调组织调集危险化学品运输车辆和物资转运所需车辆，运送救灾物资和转送危险物品；协助做好有关人员疏散或隔离工作；负责其他原因引起的水环境污染事件的水上交通管制工作；负责调查和处置因船舶运输及海损事故引起的水环境污染事件。
重庆海事局：负责对长江干线重庆段放射源、危险化学品、危险固体废弃物等运输引发突发环境污染事件的预防和监督管理；负责组织管辖水域内流动污染源溢漏引起的突发环境污染事件的现场应急处置及调查处理工作；负责其他原因引起的水环境污染事件的水上交通管制工作。
重庆海关：负责调查进口再生原料或进口货物引起的三峡库区重庆流域水环境污染事件。
市发展改革委：负责配合有关区县（自治县）、项目业主单位开展重大应急基础设施建设的前期工作，积极争取国家应急基础设施建设专项资金支持。
市经济信息委：负责三峡库区企业破产、关闭、搬迁、结构调整可能引起的三峡库区重庆流域水环境污染事件的预防和调查处理工作；参与组织协调工业环境保护；参与突发事件的调査和善后处理。
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