全市水资源较为丰富，水域面积220.5万亩，净水面160.5万亩；其中长江南京段98公里，秦淮河全长103公里；滁河干流全长110公里。境内南部石臼湖、固城湖分别为31.5万亩和3.6万亩。全市有中小型水库300多座。至2010年全市已开发水产养殖水域面积71万亩，其中池塘42.8万亩，湖泊3.7万亩，河沟、水库24.6万亩，此外，我市还有稻田临时养殖33.9万亩。
1.2 水文与气候条件
1.2.1 气候特征
南京市地处北亚热带季风湿润气候区，年平均气温为15℃-16℃，全年日均超过0℃的积温为5500℃-5800℃，无霜期在224天-239天，年日照时数为2179-2200小时，年总辐射量每平方厘米为115.9-113.09千卡，年降水量为1049.47mm，自南向北递减，6-9月的汛期降水量占全年的60%，且年际间差异比较悬殊。南京地区气候有下列特征：（1）气候的过渡性较为明显，南北间差异较大；（2）干湿阶段明显，降水季节分配不均匀，易旱易涝；（3）丘岗地区和江湖地区分别具有特殊的“地域小气候”和“水域小气候”。
1.2.2 水文条件
我市江河湖泊水位随季节变化明显，高水位多出现在6-9月份，低水位出现在冬春季节。境内地表水资源18.6亿m3，地下水资源7亿m3，年降水折合地表径流水量17.9亿m3，长江平均年流量达9700多亿m3，其中夏、秋季占70%，冬、春季只占30%。
根据2003-2004年全市水资源理化状况本底调查显示，境内各类水域的理化性质良好，符合国家渔业用水标准。主要超标污染物有氨氮、总磷、生化需氧量和石油类，部分水体富营养化，给区域内水产增养殖业发展和水域生态环境保护带来不利因素。
1.3 水生生物资源状况
1.3.1 浮游生物
浮游生物包括浮游植物和浮游动物，是鱼类饵料食物链的重要组成部分，其密度是评估水域鱼产力的重要依据之一。我市水域浮游植物主要以小型藻类为主，分布有蓝、绿、黄、硅、隐藻等100多种藻类；浮游动物以轮虫、桡足类、枝角类和原生动物为优势种。浮游生物一般在春季大量繁殖，为鱼类繁殖提供了充足的饵料，符合鱼类生长规律。
1.3.2 鱼类资源及其他生物资源
全市分布有青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼、鳊鱼、胭脂鱼、河鲀、鳗鲡、黄鳝、鳜鱼、鲌鱼、黄颡鱼、鲶鱼、泥鳅、乌鳢等80余种鱼类。此外，还有中华绒螯蟹、青虾等甲壳类动物，无齿蚌，褶纹冠蚌、田螺、椎实螺等软体类动物，水獭、江豚、白鱀豚等哺乳类动物，以及两栖类、爬行类等经济动物。
1.3.3 主要养殖品种
全市地理条件良好，气候适中，渔业资源丰富，适宜进行鱼类常规淡水水产品和名特优水产品的养殖以及境外优秀品种的引进驯养。我市主要养殖种类：①地产鱼类：草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼、鳊鱼、鳜鱼、黄鳝、泥鳅、乌鳢、黄颡鱼、暗纹东方鲀、长吻鮠、细鳞斜颌鲴、胭脂鱼等数十个经济品种；②引进国内鱼类品种：内荷包鲤、建鲤、方正鲫、异育银鲫、黄河鲤、彭泽鲫、大银鱼、海鲫等；③引进国外鱼类品种：加州鲈鱼、淡水白鲳、罗非鱼、革胡子鲶、彩虹鲷、细鳞鲳、俄罗斯鲟等；④甲壳类：中华绒螯蟹、青虾、罗氏沼虾、克氏螯虾、南美白对虾等；⑤其它主要有牛蛙、美国青蛙、龟、鳖、大鲵等。
