水行政、农业、住房和城乡建设、环境保护等行政主管部门应当采取截污、清淤、岸线整治、绿化、植被恢复、水土保持等措施，建立水生态保护和修复工程的长效管理机制，加强日常维护管理，促进水生态功能的保护和修复，提高水体自然净化能力。
第四十条 市、县（区）人民政府应当严格水资源管理，实施用水总量控制、水域纳污总量控制、用水效率控制，实现水资源可持续利用。
第四十一条 市、县（区）人民政府应当根据水生态功能保护的需要，将下列区域、水体依法划定为重要水体保护区，向社会公布，采取措施保证其符合功能区要求：
（一）主要河流源头区；
（二）重要渔业水体、生物种质资源保护水体；
（三）风景名胜区水体；
（四）重要湖泊、湿地；
（五）重要水源涵养区、森林；
（六）其他具有重要生态功能价值的区域、水体。
重要水体保护区内禁止工业项目建设，不得从事破坏水生态、减少水面面积的养殖、旅游开发等活动，严格控制经营性项目建设。
第四十二条 建设项目不得填堵具有调蓄、灌溉功能的河道、塘堰、洼地、沟汊。确需填堵的，建设单位应当事先提出等量等效替代措施，经水行政主管部门或者城市管理行政主管部门同意后报同级人民政府批准，在实施替代措施后方可填堵。
从事生产、建设以及其他活动，应当采取必要的水土保持措施；改变地貌、损坏植被或者损害水土保持设施的，应当恢复原状或者赔偿；造成水土流失的，应当负责治理。
化工企业、危险废物贮存场地、垃圾填埋场等污染源迁移后，所在地县（区）人民政府应当组织制定原址的修复方案，督促责任单位采取修复土壤、恢复植被、净化水体等措施进行水生态系统修复。
第四十三条 市、县（区）人民政府应当组织建设本行政区域水生态监测系统，完善水环境评价体系，为水生态保护与修复提供依据。
第四十四条 实行水环境资源的区域补偿制度，逐步推行水生态补偿。本市行政区域秦淮河、滁河等交界断面水质未达到控制目标的，责任地区人民政府应当向水质受损害地区人民政府作出补偿。具体办法由市人民政府制定。
第四十五条 鼓励污水处理厂、垃圾填埋场和危险废物处置单位，以及重点石油化工、重金属污染物等排污单位投保水环境污染责任保险。
第六章 监督管理
第四十六条 市、县（区）人民政府履行下列职责：
（一）制定区域水环境保护目标和方案并组织实施；
（二）负责水环境保护目标考核评价，落实水环境质量责任制；
（三）保障水环境保护工作的资金投入；
（四）组织突发水污染事件的应急处置工作；
（五）依法应当履行的其他职责。
第四十七条 环境保护行政主管部门履行下列职责：
（一）负责水环境保护的统一监督管理，承担水环境保护协调机制的日常工作。
（二）会同有关部门制定全市和各流域重点水污染物排放总量的分解方案和削减计划，定期公布重点水污染物排放总量控制指标及其完成情况。
（三）负责水污染防治管理和日常监督、监测，开展水环境保护执法检查。
（四）负责排污口的统一监督管理，以及污染源自动监控系统联网管理。
（五）负责饮用水水源地水质监测和信息公布。
（六）会同有关部门制定水污染事故预警和应急方案；接到水污染事故报告后及时向同级人民政府报告，并做好应急处置和调查处理等有关工作。
（七）依法应当履行的其他职责。
第四十八条 水行政主管部门负责水资源保护的监督和管理；编制水（环境）功能区划方案；提出水域的限制排污总量意见；负责入河（江、湖）排污口设置的监督管理；依法加强饮用水水源地水量、水质监测，保障饮用水水源供给。
住房和城乡建设行政主管部门负责城乡水环境项目的建设管理；组织建设城镇污水集中处理设施和污水管网；加强对城乡供水水质的日常监测，每半年公布一次城乡供水水质情况；督促供水企业开展水质自检和饮用水水源地保护区的日常巡查。
