卫生部门：负责对医疗机构基本药物采购、配送和使用等情况进行监督检查；参照基本药物目录和省增补品种目录，调整储备目录的品种。
发改部门：负责基本药物价格政策及零售价格执行情况监督检查等。医疗技术服务价格应及时调整更新。
财政部门：参与制定本地国家基本药物制度改革方案和补偿政策，负责安排规定落实国家基本药物制度补偿资金，保证资金到位。
人力资源社会保障部门：负责基本药物支付政策制定和执行，完善和统一各区药品零差价结算系统软件，指导和监督基层医疗机构对就医对象的分类和使用各类目录药品的统计；落实基本医疗保障基金对医疗机构的补偿政策。
食品药品监督部门：负责配合基本药物生产、配送企业的监管，监管零售药店基本药物的合法购进，对基本药物进行质量监管、安全监测。
经贸部门：负责对基本药物实行动态储备。
监察部门：负责国家基本药物制度实施全过程监督检查，并对违法违纪行为进行查处。
其他部门通力协作，密切配合，承担各自职责任务。
各相关部门应严格规范药品采购、验收、储存、发放、结算等环节管理，严格执行零差率制度，严格履行药品购销合同，保障国家基本药物政策的落实。
四、保障措施
（一）加强组织领导。各区人民政府要将实施国家基本药物制度作为深化医药卫生体制改革的重要任务抓紧抓好。各区人民政府深化医药卫生体制改革领导小组办公室负责协调解决制定和实施国家基本药物制度过程中的相关政策问题，卫生行政部门承担日常工作。各区纠正医药购销和医疗服务中不正之风工作领导小组办公室负责基本药物制度实施的监督工作。深化医药卫生体制改革领导小组成员单位根据职能落实有关职责，密切配合，做好衔接，扎实有序推进。卫生、发展改革（物价）、经贸、监察、财政、人力资源社会保障、食品药品监管等部门要各司其职、密切配合，加强监管，严格实行责任追究制度。
（二）加强资金保障。落实政府责任，切实履行职责，搞好统筹协调，完善政府举办的基层医疗卫生机构补偿机制，落实财政补助政策，并与基本药物零差率销售政策衔接一致，保证基本药物制度顺利实施和医疗卫生机构正常运转。
（三）加强基本药物制度绩效评估。完善基本药物采购、配送、使用、价格和报销信息管理系统，在广东省基本药物信息网络平台基础上，形成全市统一的基本药物采购、配送、使用和补偿等信息网络，充分发挥行政监督、技术监督和社会监督的作用，实行基本药物制度绩效评估，发布监测评估报告等相关信息。基本药物使用情况纳入医务人员以岗位责任和绩效为基础的考核，并与绩效工资挂钩。
