区（市）县对基层公益性医疗卫生服务主体在“核定任务、绩效考核”前提下，分两种方式实行补偿：一是按工作量购买；二是按项目补偿。
（二）综合补偿，形式多样。对基层公益性医疗卫生服务机构补偿实行以政府投入为主，医保基金为辅，社会资本积极参与的多渠道综合补偿。综合补偿主要包括政府购买、财政补助、医保基金支付、税费减免、社会捐赠以及落实社会资本举办医疗卫生服务机构政策等。
综合补偿通过以下方式实现：
1．可通过政府购买服务实现补偿的事项，原则上通过政府购买服务的方式实行补偿；
2．积极推进按人头拨付经费向按业务量、按工作绩效核定经费转变，实行与绩效考核挂钩的方式进行补偿；
3．对执行政府定价的基本医疗服务项目纳入综合算账，不足部分实行政府补偿；
4．对基层医疗卫生服务机构经绩效考核确认为经常性收支差额的，按综合算账的方式实行补偿；
5．对全民体检、一般诊疗费等在政策上有特殊规定的，应以医保基金支付方式实行补偿的，由医保基金按规定支付；
6．对承担公益性任务的，由政府按政策以税费减免的方式实行补偿。
第四条 （综合补偿机制主要项目构成）
按综合算账纳入综合补偿机制的项目主要包括：
（一）综合补偿机制中经常性项目。包括基本公共卫生服务，基层医疗卫生服务机构的医疗服务，基本药物和基层常用药物零差率销售财政补助，常年重大公共卫生财政补助，基层医疗卫生服务机构经常性收支差额财政补助，村卫生站（室）政府经常性补助，医保基金中按规定支付的全民体检、一般诊疗费，政府其他固定补助和新纳入政府经常性补助项目等。
（二）综合补偿机制中政府一次性补助项目。包括基本建设及设备设施购置投入，全科医生及执业医生、人员培训补助，信息化建设投入，承担处置突发公共卫生事件政府补助，以及纳入基层公益性医疗卫生服务政府其他一次性补助和政府税费减免等。
（三）基层医疗卫生服务机构实行绩效工资制度一次性补助和按
国务院办公厅《转发发展改革委财政部卫生部关于清理化解基层医疗卫生机构债务意见的通知》（国办发〔2011〕32号）锁定移交当地政府的化解债务的投入，另单列单算。
第五条 （责任分工）
