第四条 专项资金实行计划管理和项目管理相结合的管理办法，项目实施单位要建立项目负责人制度，明确其所承担的职责。项目负责人应严格按照市教委关于内涵建设项目可行性研究报告的批复，负责管理资金、组织队伍、按期实施项目建设。
第五条 凡使用专项资金形成的资产均应纳入本市国有资产统一管理，项目单位应认真维护，充分合理使用。
第二章 预算管理
第六条 专项资金预算是项目高校综合预算的组成部分，学校要做到部门预算与专项资金的合理衔接，避免重复建设，混合使用。
第七条 高校应根据项目可行性研究报告的批复，编制本校年度专项及配套资金预算，并按相关管理程序报市教委审批。
第八条 高校应严格按照批准的预算执行专项资金，不得随意更改资金使用方向和内容，确有必要调整的，应按规定程序报批。专项资金年度预算应确保按期完成，原则上当年预算当年执行，需结转使用的，应按本市有关规定报批后继续使用。
第三章 支出管理
第九条 专项资金必须专款专用，各项目高校应严格按照批复的可行性研究报告和建设方案中所列项目支出，并达到承诺的预期目标。
第十条 专项资金支出包括人员经费、教学、科研经费、业务费、设备购置费等。
（一）人员经费。指在内涵建设项目建设中，用于引进、特聘和培养一流科学家、学科领军人才、紧缺人才、优秀中青年教师，建设双师（结构）团队及学生培养等所发生的支出，以及重大科研成果（含人文社科类）和教学成果的奖励经费等支出。人员经费支出必须符合国家和上海市有关政策规定。
（二）教学、科研经费。指在内涵建设项目建设中，用于实施国家或上海市重大科学研究、重大教育改革研究项目的配套经费；已立项的地方高校内涵建设规划中重大科研和教改项目（属于“重点学科专业建设”类中按课题制管理要求管理的项目）经费以及引进人才的研究启动经费，属于按课题制管理要求管理的项目资金，其支出管理可参照本市科研经费的有关规定执行。
