建立基本药物优先和合理使用制度。政府举办的基层医疗卫生机构全部配备和使用基本药物。其他各类医疗机构也要将基本药物作为首选药物，并达到一定使用比例（具体由省级确定）。医疗机构要按照《国家基本药物临床应用指南》和《国家基本药物处方集》，加强合理用药管理，确保规范使用。
各医疗机构应建立健全药事管理机构，完善医师处方监督检查和审核制度，加强医师基本药物合理使用的培训，鼓励医师优先合理使用基本药物，规范基本药物临床使用，发挥临床药师参与临床药物治疗和规范临床用药行为的作用，为药物治疗的合理、安全、有效提供保障。
患者凭处方可以到零售药店购买药物。零售药店必须按规定配备执业药师或其他依法经资格认定的药学技术人员为患者提供购药咨询和指导，对处方的合法性与合理性进行审核，依据处方正确调配、销售药品。
（二）价格管理
完善和规范政府调控与市场作用相结合的基本药物价格形成机制。加强价格监督管理，健全基本药物价格监测管理体系。实行基本药物制度的基层医疗卫生机构，基本药物按购进价格实行零差率销售，并及时进行公示，对乱收费、乱加价行为按照《
价格法》有关规定予以查处。
（三）补偿报销
建立并完善基层医疗卫生机构补偿机制。政府举办的基层医疗卫生机构属公益性质，要明确收支范围和标准，实行核定任务、核定收支、绩效考核补助的财务管理办法，落实政府投入政策。财政补助经费由省、地、县级财政按比例分担。财政补助经费与财政其它补助经费统筹用于基层医疗机构房屋修缮、设备维修和人员经费等支出。
建立政府举办的基层医疗卫生机构国家基本药物制度绩效考核体系。县级卫生行政部门应以基本药物使用和医疗服务质量为核心，对政府举办的基层医疗卫生机构进行考核，财政补助经费的拨付与考核结果挂钩。政府举办的基层医疗卫生机构应以服务质量、工作数量和医德医风考评为核心，对职工个人进行考核，个人工资性收入与考核结果挂钩。
加强对财政补助资金的管理。县级卫生行政部门在坚持预算管理权不变、资金所有权和使用权不变、财务审批权不变的前提下，按照“集中管理、分户核算”的原则，对全县乡镇卫生院财务管理进行会计核算和监督，努力提高资金的使用效率。
基本药物全部纳入《新型农村合作医疗报销药物目录》和《城镇职工（居民）基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录》，报销比例要明显高于非基本药物。
