（七）负责协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输和港口作业。
（八）负责港航机构非税征收管理工作；会同有关部门对全市港口和水路运输企业经营性收费项目和价格实施监督管理。
（九）负责浙江省船舶检验局授权范围内船舶法定检验及相关业务的监督管理。
（十）负责全市港航的行政许可和非行政许可的审批及转报工作。
（十一）指导各县（市）港航管理工作；负责全市港口对外合作以及涉外交流活动。
（十二）负责组织全市港口和水运从业人员的业务技术培训、考核；负责温州港口和水运的信息汇总、统计；负责港口和水运的科技创新工作。
（十三）承担市渡口安全管理办公室日常工作。
（十四）承办市政府和市交通运输局交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市港航管理局内设8个职能处室：
（一）办公室（政策法规处）。负责协调全局的行政事务工作；负责机关文秘、政务信息、新闻报道、保密、档案、修志、信访、接待和后勤管理工作；负责牵头人大代表建议、政协委员提案的办理；负责并指导全市港航信息化建设和管理；负责局重要行政事务的督查、督办；负责开展法制教育培训和法律咨询工作；组织协调行政复议、行政诉讼及其他诉讼应诉工作；负责有关港航系统政策法规的调研、起草和报审工作；指导、监督、协调港航行政执法工作。
（二）人事处。负责局管干部（含后备干部）的考核、选拔工作；负责党建、群团、宣传教育和职工思想政治工作；负责机构编制、人事管理、计划生育、离退休人员管理服务等工作；负责制定和实施职工教育培训规划与年度教育培训计划；负责局社会管理综合治理工作的指导和监督检查；指导行业开展精神文明建设等工作。
（三）计划财务（征收稽查）处。负责编报机关及局属单位事业资金年度收支预算和决算；负责港航事业资金收支的核算、监督、检查；负责全市港航非税的征收、稽查和票据的管理工作；负责全市水路运输行业统计管理；负责局机关财务管理工作。
（四）行政审批处。负责全市港航行政许可和非行政许可事项审批、办理及转报工作；参与行政审批有关技术审查工作，并负责综合协调落实。
（五）规划建设处。负责编制温州港总体规划、各港区控制性详细规划和相关专项规划，并组织指导实施；参与编制全市水路运输中长期发展规划；拟订全市水路运输建设项目的年度计划；监督管理水运工程及配套设施建设项目的规划选址、港口岸线资源利用、规划港区用地配置等工作；负责对全市水运工程建设的行业管理；指导全市水运建设工程的质量和安全管理工作；承担政府投资的重大港航建设项目的前期工作；负责全局科技项目申报、推广应用工作。
