健全治理结构。农村新型股份合作社要依据《
中华人民共和国农民专业合作社法》和《
重庆市实施〈中华人民共和国农民专业合作社法〉办法》的规定建立完善成员（成员代表）大会、理事会、监事会（执行监事）等组织机构，明确各自职责，依照章程规定行使职权。
（二）强化管理。
完善经营结构。农村新型股份合作社要根据生产经营和内部管理需要，科学合理设置内部机构，建立健全岗位责任制。根据需要，可以聘请职业经理。职业经理可以进入理事会或管理班子，按照章程规定和理事长或者理事会授权负责农村新型股份合作社的具体生产经营活动。
加强财务管理。按照《
中华人民共和国农民专业合作社法》和
财政部印发的《农民专业合作社财务会计制度（试行）》的规定，农村新型股份合作社要切实加强财务管理，独立建账，规范会计核算，定期向成员公布财务状况。
做好盈余分配。农村新型股份合作社每年应从当年盈余中提取公积金以及必要的公益金、风险基金。可分配盈余按成员与本合作社的交易量（额）比例和所占股份份额相结合的方式统筹制订返还或分配方案。按成员与本合作社的交易量（额）比例返还的，返还总额不低于可分配盈余的60%。具体返还或分配办法按照章程规定或由成员（成员代表）大会讨论决定。
（三）多元发展。
按照“三个一批”的工作思路，抓好农村新型股份合作社的培育和发展，进一步激活农村资源，促进农村经济发展，持续稳定增加农民收入。
发展一批。按照因地制宜、循序渐进的原则，引导广大农民组建或与农业龙头企业、农村集体经济组织、基层供销合作社、城市工商企业等市场主体联合兴办各种类型的农村新型股份合作社。
规范一批。指导现有股份合作社开展规范化建设，完善经营机制、要素投入机制和利益联接机制，促进规范运行、健康发展。
改造一批。对现有农民专业合作社，凡是入社农民愿意以多种要素的紧密合作取代原单一要素合作方式的，有关职能部门要支持指导其规范合作行为，合理确定要素股份，依法变更登记为农村新型股份合作社。
