指挥部职责：统一指挥协调全县甲肝疫情应急救援处置工作。
指挥部办公室职责：调度和协调各乡镇各职能部门贯彻指挥部作出的防控工作决策、方案和措施的落实，及时收集、整理和编印甲肝疫情相关材料，及时报送各种相关信息。
指挥部下设六个职能组：
一、医疗救治组
组 长：曾 文 （县人民医院院长）
副组长：赵祖禹 （县政协副主席、县中医院院长）
聂庆英 （县妇幼保健院院长）
职 责：负责病例医疗救治工作，统计病例防治情况，并及时汇总上报县甲肝疫情应急处置指挥部办公室。
二、疫情监测组
组 长：王 霖 （县疾控中心副主任）
副组长：邓兴江 （县卫生监督所所长）
职责：组织开展流行病学调查，掌握、查收传染来源，传播途径和疫情波及的范围，弄清流行因素，为及时制定暴发疫情控制方案提供科学依据，指导疫区消毒工作；加强对全县各乡镇疫情监控，做好卫生防病知识宣传教育，发现疫情及时报告，对需隔离治疗的，果断决定隔离，并协助救治工作。
三、卫生监督组
组 长：邓兴江 （县卫生监督所所长）
副组长：李晓红 （县工商局局长）
朱 云 （县质监局局长）
岳明亮 （县教育局局长）
职责：负责食品摊点、冷饮、冷食监督管理和取缔，环境卫生监督和疫情报告监督等工作；负责各乡镇市场食品安全的整治，取缔“三无”食品，加强市场监管准入，确保食品安全；负责打击和取缔村镇市场及各中小学校园周边食品摊点；加强对中小学校甲肝疫情监控，做好卫生防病知识的宣传教育，发现疫情及时报告，对需要隔离或停课处置的，作出停课处置决定，协助做好疫区学生的救治工作。
四、秩序维护组
组 长：禄再辉 （县公安局常务副局长）
副组长：各乡镇政法书记
职 责：负责维护防控、医疗救治工作秩序，保证医疗救援指挥、救护、运送药品、器械和物资车辆的优先通行和现场医疗卫生救援工作的顺利进行。
