第十二条 人民银行国库部门应使用“1030138--地方水利建设基金收入”下设的目级科目办理地方水利建设基金收纳和入库。
第十三条 每月终了后10日内，各级地方税务部门在与同级人民银行国库部门对账后，将代收地方水利建设基金情况，抄送同级财政部门和水利部门。
第十四条 地方水利建设基金专项用于：
（一）重大水利工程建设（包括前期工作）；
（二）河流湖泊治理、病险水库除险加固、城市防洪设施建设、防汛应急度汛；
（三）水资源开发利用、保护管理，水土流失防治、水系生态保护及水文监测设施建设；
（四）农村饮水安全、灌区节水改造和农田水利建设；
（五）地方水利工程维修养护、更新改造和运行管理；
（六）经市人民政府批准的重大水利项目等其他相关支出。
第十五条 地方水利建设基金不得用于人员经费方面的开支。
第十六条 地方水利建设基金收支纳入政府性基金预算管理，市、县区财政设立专帐核算地方水利建设基金收支，专款专用，年终余额结转下年度安排使用。
各级水利、发展改革等相关部门根据水利建设规划，编制年度地方水利建设基金支出预算，经同级财政部门审核后，纳入政府性基金预算。财政部门根据批准的地方水利建设基金预算和基金实际征收入库情况拨付资金。其中，地方水利建设基金用于固定资产投资项目，要纳入固定资产投资计划。
各级水利、发展改革等相关部门根据年度地方水利建设基金预算执行情况，编制地方水利建设基金决算，报同级财政部门审核。
第十七条 各级人民政府要加强对地方水利建设基金筹集、使用和管理工作的领导。各级财政、发展改革、水利、地税、人民银行、监察、审计等部门要各负其责，共同做好地方水利建设基金的征收和监督管理工作。
第十八条 各级财政部门是地方水利建设基金的征管主体，要加强地方水利建设基金收支预算管理，健全管理制度，积极组织收入，科学、合理安排支出，加快预算执行进度，确保专款专用。
第十九条 发展改革部门要根据国家有关规定，加强对水利建设固定资产投资项目的监督管理。
