（四）参合人享受同等权利的原则。全县辖区内的参合人，只要遵守新型农村合作医疗管理办法，履行缴费义务，都享有参加合作医疗并得到医药费用减免和报销的同等权利。
（五）保障弱势人群的原则。按《云南省实施农村医疗救助暂行办法》的要求，对农村五保户和低保户的参合费由民政部门给予资助。对农村独生子女的父母及年龄不满18周岁的独生子女，只生育了两个女孩且采取了绝育措施的农村夫妇，需由个人缴纳的参合费，省财政补助的差额部分由县财政负担。
（六）便民利民的原则。在保障基金安全的前提下，新型农村合作医疗减免补偿程序和手续尽量精简，方便农民群众，提高新农合公信度。
四、组织管理
（一）成立南涧县新型农村合作医疗管理委员会（简称“县合管委”），由县长任主任，县委副书记、分管副县长任副主任，成员包括卫生、财政、民政、农业、宣传、审计、扶贫、人事、食药局、残联等部门主要负责人和参合农民代表。
（二）县新型农村合作医疗管理委员会下设办公室（简称“县合管办”），县合管办设在县卫生局，由卫生局长兼任办公室主任，承担新型农村合作医疗日常管理事务。新型农村合作医疗管理办公室的人员和工作经费列入同级财政预算，不得从新型农村合作医疗基金中提取。
（三）成立县新型农村合作医疗监督委员会（简称“监委会”），由县纪委书记任主任，成员包括人大、政协、纪委、监察、审计、财政等部门和参加新型农村合作医疗的农民代表，县监委会下设办公室在人大科教文卫委，由人大科教文卫委主任兼任办公室主任，负责新型农村合作医疗监督工作。
（四）成立乡镇新型农村合作医疗管理委员会，负责本辖区新型农村合作医疗的领导组织、协调和管理。成立乡镇新型农村合作医疗监督委员会，负责本辖区新型农村合作医疗监督工作。
（五）新型农村合作医疗工作实行属地管理、政府分级负责制。
1.县人民政府负责全县新型农村合作医疗工作的领导、组织、协调、管理。
2.乡镇人民政府负责本乡镇新型农村合作医疗工作的领导、组织、协调、管理。
3.县合管办负责县内新型农村合作医疗的日常事务工作，重点是做好费用审核报销、县级定点医疗机构的监管和各乡镇合管办的业务指导管理。
4.各乡镇合管办负责本辖区内乡、村两级新型农村合作医疗的日常事务工作。
（六）实施责任意外伤害联合协查制度。凡在交警部门涉案人员或司法部门受理的案件人员由案件直接产生伤害（自然疾病除外）的医疗费，新型农村合作医疗基金不予支付。交警部门和司法部门每月向县新农合办提供参合农民交通肇事或司法纠纷简明情况，并配合卫生部门查询有关备案材料。如已发生的补偿，将从定点医疗机构追回。
（七）实行一户一证制。农村居民以户为单位参加新型农村合作医疗，实行1户1证制，每年由当地新型农村合作医疗办公室会同村委会核发《新型农村合作医疗证》。
（八）执行持证报销制度。参合农民因病就诊报销时，必须出示《新型农村合作医疗证》、身份证（或户口册）及相关材料方能享受新农合报销待遇。凡未能出示者或证件不相符时，一律不予减免报销。
五、参合对象权利义务
（一）参合对象。全县辖区内农村居民按自愿和属地原则以家庭（户）为单位在户籍所在地参加新型农村合作医疗。已参加城镇居民医疗保险和城镇职工医疗保险的人群不得参加新农合。外出打工、经商、上学的农村居民可在户口所在地参加新型农村合作医疗。本县户籍新生儿视为当年的参合对象。
