从2011年起，落实政府专项补助和调整医疗服务收费后，基层医疗卫生机构的经常性收入仍不足以弥补经常性支出的差额部分，由政府在年度预算中足额安排，实行先预拨后结算，并建立起稳定的补助渠道和长效补助机制。其中：高明、三水区的基层医疗卫生机构经常性收支的缺口资金主要由区级财政负担，市财政对高明、三水区基层医疗卫生机构综合改革采取“以奖代补”方式给予适当补助。其他各区自行解决基层医疗卫生机构经常性收支缺口资金。
核定经常性收支差额的基本内容（不含基建和大型设备购置）如下：一是核定任务。由同级卫生部门会同财政部门，根据基层医疗卫生机构的功能定位核定基本医疗服务和基本公共卫生服务任务。二是核定经常性收入。主要包括医疗服务收入、基本公共卫生服务补助收入和其他政府补助三个方面，由同级财政部门会同卫生部门核定。其中：年度医疗服务收入根据前3年医疗服务平均收入情况，综合考虑影响医疗服务收入的特殊因素核定；基本公共卫生服务补助收入根据服务人口、单位综合服务成本及核定的基本公共卫生服务任务数量核定。三是核定经常性支出。主要包括人员经费、业务经费和医用耗材购置三个方面，由同级财政部门会同卫生部门分项核定。其中：人员经费按人事部门确定的工资水平和核编后编制人数采取定员定额的方式核定；业务经费根据核定的基本医疗服务和基本公共卫生服务任务的数量和单位综合服务成本（剔除人力成本）核定，可以综合考虑前3年医疗支出平均水平和有关特殊因素，分别核定基本医疗服务和基本公共卫生服务支出预算额度；医用耗材购置经费根据实际购置成本核定。
基层医疗卫生机构的收支结余要按规定留用或上缴。具备条件的区可以实行收支两条线管理，基本医疗服务等收入全额上缴财政，开展基本医疗和公共卫生服务所需经常性支出由政府核定并全额安排。
采取政府购买服务方式的基层医疗卫生机构，其经常性收支差额部分由管理该基层医疗卫生机构的镇（街）医院负责落实补助。
各区财政、卫生部门要会同有关部门根据政府卫生投入政策，结合本地实际制定基层医疗卫生机构经常性收支核定和差额补助的具体办法，确保政策落实到位，有关办法要于2011年9月30日前印发执行，并报市深化医药卫生体制改革领导小组办公室、财政局、卫生局备案。
三、大力推进基层医疗卫生机构综合改革
（一）明确基层医疗卫生机构的功能定位。
