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市消防支队：根据指挥部的要求，积极参加抢险救灾行动，协助地方政府转移、解救危险地带的群众。
市民政局：负责组织、协调各区开展查灾、报灾和救灾工作，及时将掌握的灾情信息和救灾情况上报市指挥部；组织开展救灾款物的捐赠、接收、管理和分配工作，指导、协调各区妥善安排好灾民生活。
市市政园林局：负责市政、园林设施和所管辖的水利工程的防海啸工作。抗灾期间，及时组织做好城市排水、排涝、林木的支护加固等工作，做好供水、供气等的抢修。灾后，及时组织恢复供水、供气，城市树木、绿地的整复工作。
市财政局：负责安排市级防海啸和抢险救灾经费预算，及时下拨并监督使用。
市国土房产局：负责组织、指导和监督地质灾害防御工作；负责制定全市地质灾害防灾预案；负责危房防海啸和抢险救灾工作，及时督促各区组织转移危房住户；及时将地质灾害灾情报市指挥部。
市交通运输局：负责组织、指导做好全市公路（桥隧）的防海啸工作。按照指挥部指令，负责协调BRT停运及关闭厦门、海沧、集美、杏林、五缘、演武、同安湾、丙州、中州、大嶝等大桥和疏港路等高架桥；做好公路（桥隧）在建工程防海啸安全工作，及时抢修公路（桥隧）水毁工程，保障交通干线畅通；组织运力，做好转移危险地带群众和防海啸物资的运输工作。
市农业与林业局：负责组织、指导全市农牧业、林业的防海啸、灾后生产恢复和灾区动、植物疫病防治工作，及时收集灾情信息并上报市指挥部。
市商务局：负责组织、指导商贸企业做好防海啸工作；负责组织抢险救灾所需日用生活必需品的供给。
市卫生局：负责组建医疗救护和疾病预防控制专业队伍；做好抗灾期间的医疗救护和疾病预防控制工作；做好灾后防病、治病及防疫消毒工作。
市文化广电新闻出版局：负责监督、指导厦门广电集团做好防海啸宣传工作，特别是当接到市指挥部提供海啸（紧急）通知时，及时向公众发布或滚动播报；及时准确宣传报道经市指挥部审定的灾情和各区防海啸动态，做好防海啸宣传报导的声像资料的汇编和保存工作，并报市指挥部；负责全市应急视频会商到镇、视听到村系统的管理和维护。做好所辖广电设施的防洪防海啸安全工作。
市工商局：负责做好户外广告牌的整治工作，在海啸到来之前，及时组织、监督户外广告牌业主做好加固、拆除等各项防范工作。
厦门港口局：负责组织、协调、指导全市港口各码头公司、客运站和港口工程做好防海啸工作；组织、协调做好在建港口工程、在港船舶和港区道路、机械设备、货物、集装箱等安全工作。
市安监局：负责监督、指导非煤矿山、危险化学品生产和储存企业防海啸应急救援工作。
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