第十三条 实行项目管理法人负责制、合同制和工程监理制。各项目建设单位要在项目开工前向县生态功能区建设领导小组办公室上报项目法人责任承诺书；对涉及工程承包及物资采购事项要强化合同管理；对投资较大的项目要派驻工程监理。
第十四条 项目启动时，项目施工单位可根据承包合同申请拨付工程启动资金。启动资金一般不超过此工程财政资金的30%。项目施工单位填报“国家重点生态功能区转移支付资金提款申请单”（样表附后），经项目主管部门审核签字后报县生态功能区建设领导小组办公室审核，审核无误后，报县生态功能区建设领导小组常务副组长批准后予以拨付。
第十五条 投资规模较大的项目可根据工程进度分次拨付资金。即由项目建设单位提出用款申请，项目主管部门会同县生态功能区建设领导小组办公室组织阶段性验收，并根据阶段性验收报告填写资金拨款单，由主管部门、县生态功能区建设领导小组办公室审核签字后报县生态功能区建设领导小组常务副组长批准后拨付资金。
第十六条 项目建设单位在工程竣工后，由项目实施单位向项目主管部门和县生态功能区建设领导小组办公室提出竣工验收申请，由县生态功能区建设领导小组办公室会同项目主管部门组织有关专家，对项目建设情况进行验收，对验收合格的须出具竣工验收报告。项目建设单位凭项目竣工验收报告提出拨款申请，经项目主管部门和县生态功能区建设领导小组办公室批准签字后报县生态功能区建设领导小组常务副组长批准后拨款；对验收不合格的工程项目，项目建设单位要限期整改，经再次验收合格后方可申请提款。
第十七条 国家重点生态功能区转移支付资金采用质量保证金制度。县生态功能区建设领导小组办公室按项目概算中财政补助资金的10%作为项目质量保证金。项目完工使用一年后，未发现非无法抗拒原因造成的质量问题，将质量保证金全部拨付。在此期间，若项目存在由于非无法抗拒原因造成的质量问题，质量保证金转作维修费用，不足部分由项目实施单位支付。
第十八条 项目建设单位要严格资金管理，根据有关财经政策做好帐务处理，严禁白条入帐等行为发生。并自觉接受监察、审计、财政等部门的监督。
