各区市新农合经办机构要与开展即时结报的市级新农合定点医疗机构签订服务协议，明确定点医疗机构垫付款的结算拨付程序、时间和违规补偿款项扣除等规定，保证垫付款及时结算拨付。对开展即时结报定点医疗机构垫付的补偿费用，各区市新农合经办机构实行先结付后审核的办法，一个月内结付市级新农合定点医疗机构垫付款。经办机构在后期审核中，发现不符合新农合政策的补偿款项，按服务协议在下期回付款中予以扣除。定点医疗机构与新农合经办机构在即时结报工作中发生争议，双方协商难以达成一致意见时，由市卫生行政部门根据核实的情况或专家委员会的审核意见裁定。
六、规范医疗服务行为，控制医药费用不合理增长
加强行政监管，严查违规行为。各级卫生行政部门要加强对定点医疗机构服务行为的行政监管，完善定点医疗机构管理办法，落实对定点医疗机构的定期督导制度、暗访抽查制度和医药费用警告与通报制度，将定点医疗机构做好新农合工作情况纳入绩效考核，督促各定点医疗机构严格执行新农合相关政策规定，对出现的违规违纪行为要按照有关规定严肃处理。
认真执行物价政策，规范医疗服务行为。各定点医疗机构要做到合理检查，合理治疗，合理用药，规范收费，坚决杜绝乱收费、乱检查、开大处方行为；使用自费药品、自费检查要履行告知义务；病历等医疗文书书写、存放、管理不规范的医疗机构和没有纳入镇村卫生服务管理一体化的村级医疗机构不得作为新农合定点医疗机构。
探索支付方式改革，控制医药费用不合理支出。推广单病种定额付费和限额付费制度，合理确定病种收费标准，不断扩大病种范围。逐步将卫生部制定临床路径的病种纳入单病种定额付费范围。探索门诊费用总额预付或总额核算的支付方式。开展老年白内障、儿童先天性心脏病、儿童单纯性唇裂病人定点就医、定额补偿试点，不断总结经验，扩大病种，降低患者就医负担。
加强医护文书档案的管理，实现新农合信息的互联互通。为参合病人建立门诊和住院病历，并在首页标注“新农合”标识，按照病历（病案）管理的有关规定，准确、完整地记录诊疗过程，妥善保存病历（病案）资料。加快新农合信息化建设，在定点医疗机构信息系统标识全市统一的新农合基本药物和诊疗项目目录，并实现定点医疗机构信息系统与新农合信息系统的互联互通。
统一基本用药目录，严控目录外用药比例。2010年起将《
国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）（2009版）》全部纳入《青岛市新型农村合作医疗基本药品目录》予以报销。各级新农合定点医疗机构要积极做好医药费用控制工作，严格执行新型农村合作医疗基本药物目录、诊疗项目目录和抗生素使用指导原则等有关规定，合理检查、合理治疗，梯度用药，合理配伍，不得滥用药物、开大处方。对参合病人出院带药应当执行处方规定，一般急性疾病出院带药不得超过7天用量，慢性疾病不得超过15天用量。实施医疗机构检查结果互认制度，上级医院已经检查并出具检查结果报告的，下级医院应当予以认可，同级医院出具的检查结果报告应当予以互认，避免重复检查。实行目录外用药和诊疗告知制度，目录外医药费用占总医药费用的比例在村和一、二、三级定点医疗机构分别不高于5%、10%、15%、20%。
