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组织拟订交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准；监督管理公路、水路建设项目实施，维护公路、水路建设市场秩序；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价、资质管理工作；按规定承担省、市公路、水路建设工程项目设计文件审查、施工许可审查和竣工验收；负责对交通建设工程项目的招标投标活动的监督执法；监督重点公路、水路建设工程的工程进度、工程质量、工程造价、工程安全；指导公路、水路基础设施的维护和管理。
（五）运输管理科
参与拟订综合运输发展战略，承担综合运输体系建设有关协调工作；组织拟订公路、水路运输行业发展政策、发展规划、中长期计划及有关标准规范并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和公路、水路客货运输及站场、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；组织协调重点运输、紧急客货运输和公路、水路联合运输，承担公路、水路运输业经济运行分析，参与运输价格管理；组织拟订城市公共客运的行业管理政策、标准和规范并监督实施；指导城市公交客运和出租汽车行业管理工作；指导城市地铁、轨道交通的运营管理工作，指导城市公共客运服务质量的监督管理工作。指导交通运输行业节能减排工作。
（六）安全监督科
指导公路、水路行业安全生产，按规定负责交通运输应急管理工作，组织拟订公路、水路安全生产政策和综合性安全生产、应急管理的相关制度并监督实施；指导交通运输行业应急处置体系建设；组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作。指导汽车客运站和港口、航运治安保卫工作，承担局机关的安全保卫工作，指导局直属单位社会治安综合治理、消防、防汛和反恐维稳相关工作。
（七）财务科
组织拟订交通运输行业财务会计管理制度，编制交通运输行业中长期财务规划，指导和监督交通运输行业会计核算、财务管理工作；承担交通专项资金筹集、监督、管理和外汇、信贷及利用外资的财务管理工作，承担局及直属单位财务收支预、决算管理工作和国有资本、国有资产的监督管理工作，承担除通行费外的行政事业性收费管理工作；负责局机关的财务管理和政府采购管理工作。协助做好交通行业审计工作。
（八）人事教育科
承担局机关和局属单位机构编制、人事管理、劳动工资和社会保险工作；指导行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的培训考核、劳动保护及职业病防治工作；管理交通运输行业职业资格、专业技术职称评审和聘用工作。组织拟订交通运输行业科技、教育发展规划、制度并监督实施，组织实施交通运输重大科技项目、科技信息交流工作，组织重大科技成果鉴定和评审、推广工作，承担交通运输行业有关标准、计量工作；指导交通运输行业职业教育和培训工作。
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