母种和原种由所在地县级人民政府农业行政主管部门审核，由市种子管理站统一上报省农业厅核发许可证。
办理栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人必须具备：注册资本10万元以上，省农业厅考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员1名以上，有必要的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有必要的质量检验仪器和设施，栽培种生产场地的环境卫生及其他条件符合《食用菌菌种生产技术规程》（NY/T 528-2002）要求；县级农业部门受理栽培种生产经营许可申请后，要组织专家进行实地考查。
仅从事栽培种经营的单位和个人，可以不办理《食用菌菌种生产经营许可证》，但经营者要具备菌种的相关知识，具有相应的菌种贮藏设备和场所，并报县级人民政府农业行政主管部门备案。
禁止无证或者未按许可证规定生产经营菌种；禁止伪造、涂改、买卖、租借《食用菌菌种生产经营许可证》。
三、健全生产经营档案
各菌种生产经营单位和个人应当按照
《管理办法》要求，建立菌种生产经营档案。菌种生产企业档案应载明生产地点、时间、数量、培养基配方、培养条件、菌种来源、操作人、技术负责人、检验记录、菌种流向等内容。生产档案应当保存至菌种售出后2年；菌种经营单位和个人应当建立菌种经营档案，载明菌种来源、贮存时间和条件、销售去向、运输、经办人等内容。经营档案应当保存至菌种销售后2年。
四、加强商品菌种质量管理
区（市）县农业主管部门要按照
《管理办法》的要求，强化对本行政区域内菌种质量的监督，在食用菌生产经营规模较大的区（市）县，应建立食用菌菌种质量检验机构，配备必须的仪器设备和食用菌菌种检验人员，制定和组织实施本行政区域内监督抽查计划，委托菌种质量检验机构对菌种质量进行检验。
各菌种生产经营单位生产经营的商品菌种质量必须符合国家、行业或地方标准。无国家、行业或地方标准的，应符合菌种生产企业标准要求。商品菌种质量由菌种生产单位负责检验，商品菌种在有效期限内的质量问题由菌种单位负责，超过有效期的质量问题由经销单位负责。商品菌种应当附有标签，标签应当标注菌种级别、品种名称、产地、质量指标、生产日期、有效期限、菌种生产及经销许可证编号等事项。标签标注的内容应当与生产、销售的菌种相符。菌种经营者应当向购买者提供菌种的品种种性说明、栽培要点及相关咨询服务，并对菌种质量负责。禁止生产、经营假、劣菌种。
