第二十条 因科学研究、驯养繁殖、展览等需要猎捕野生动物的，必须向管理局申报，按照国家有关规定办理。
第二十一条 禁止在保护区散放、野放从区外引种的野生动物。
第二十二条 在保护区内携运林木产品和珍稀野生动物及其副产品的，必须经过省林业行政主管部门批准；携运林副产品的，由县级林业行政主管部门批准，并办理有关手续。
第二十三条 做好经常性的森林防火工作，禁止放火烧荒。每年十月一日至次年五月三十一日为保护区森林防火期。在此期间，严禁野外用火；确需用火的，必须经保护站批准。
第二十四条 建立保护区水源涵养林补偿制度。从祁连山水源涵养林受益地区征收的水资源费总额中提取3％；从保护区内进行科学研究、灾害木清理、旅游等收入中提取2％-5％，用于保护区水源涵养林的保护和发展，专款专用。具体使用管理办法由省人民政府制定。省人民政府和保护区所在地各级人民政府及其有关部门应当多方筹集资金，逐步加大对水源涵养林的投入。
第二十五条 在保护区设立的森林公安机构，负责管理保护区的自然资源和自然环境，维护区内社会治安，依法查处破坏自然保护区的案件。
第二十六条 有下列事迹之一的单位和个人，由省林业行政主管部门、管理局、当地人民政府给予奖励：
（一）认真执行本条例，全面完成自然保护任务，成绩显著的；
（二）长期坚持在基层从事自然保护工作成绩优异的；
（三）在自然保护科学研究方面有重大贡献的；
（四）同破坏自然资源和自然环境的行为作坚决斗争，有功绩的。
第二十七条 违反本条例第十条、第十四条规定的，没收违法所得，责令停止违法行为，限期恢复原状或者采取其他补救措施；造成破坏的，处以300元以上10000元以下的罚款。
第二十八条 违反本条例第十一条第二款、第十二条、第十三条、第十五条、第十六条第二款、第三款、第二十条规定的，责令其改正，并根据情节处以100元以上5000元以下的罚款。
