拟订并组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、机动车的污染防治管理制度；建立跨市界河流断面水质考核制度并组织实施；提出市环境保护领域固定资产投资规模和方向、财政性资金安排和资金使用年度计划等方面的建议；组织开展清洁生产强制性审核；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督；承担全市流域水环境质量管理和水污染防治工作；组织编制地表水环境功能区划、流域环境保护规划；指导、协调和监督海洋环境保护工作。
（七）自然生态保护处（农村环境保护处）
组织编制生态保护规划；监督自然保护区的保护工作；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、农村生态环境保护工作；开展全市生态状况评估；指导生态示范创建工作，推进生态文明建设；承担全市生物技术环境安全管理工作；指导农村环境综合整治和生态农业建设工作。
（八）核与辐射安全监督管理处（固体废物管理处）
承担核与辐射安全管理工作。监督管理核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；负责放射性废物管理和辐射事故应急工作；参与核事故应急；配合环境保护厅对核材料的管制和民用核安全设备的安装实施监督管理。负责固体废物、有毒化学品的监督与管理以及环境应急工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
纪检监察机构按有关规定设置。
四、人员编制
市环境保护局机关行政编制为26名。
领导职数为：局长1名，副局长3名；正副处长（主任）13名，其中正处长（主任）8名，副处长（副主任）5名。另核机关党委专职副书记1名。
五、其他事项
（一）水污染防治与水资源保护的职责分工。市环境保护局对水环境质量和水污染防治负责，市水利局对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立局际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。市水利局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容应与市环境保护局协商一致。
（二）海洋环境保护的职责分工。市环境保护部门作为对全市环境保护工作统一监督管理的部门，对全市海洋环境保护工作实施指导、协调和监督，并负责全市防治陆源污染物和海岸工程建设项目对海洋污染损害的环境保护工作。市海洋与渔业部门负责海洋环境的监督管理，组织海洋环境的调查、监测、监视、评价和科学研究，负责全市防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作，负责渔港水域内非军事船舶和渔港水域外渔业船舶污染海洋环境的监督管理，负责保护渔业水域生态环境工作，并调查渔业污染事故。
