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（一）摸清资金底数。各级各有关部门要对管辖范围内的强农惠农政策项目及资金使用安排情况进行全面清理，摸清资金底数和流向，主要对2007-2009年各级财政预算安排用于“三农”的各项资金进行统计汇总，并建立数据库，供日常管理需要。各级各有关部门要对清查结果的真实性、完整性、合法性负责，在清查中要严格工作标准和要求，坚决杜绝漏报、瞒报现象发生，务求工作规范，数据准确。
（二）强化检查监督。要以落实中央、省和市出台的各项强农惠农政策为重点，深入开展强农惠农重点项目资金监督检查，既要对2007年以来各级财政安排的用于“三农”的各项资金（包括基建投资用于“三农”的支出）的使用管理情况进行全面检查，又要突出重点，着重检查资金规模较大、涉及面广、农民群众关心、社会各界关注的专项资金使用管理情况。特别要注意检查和纠正强农惠农资金使用管理中存在的问题。要坚持标本兼治、查纠并举，边查边改，通过监督检查，及时查找和发现强农惠农资金使用管理中存在的薄弱环节，及时处理和整改存在的问题，并从资金管理制度、体制、机制等方面有针对性地采取措施加以完善，堵塞漏洞，建立健全强农惠农资金监管的长效机制，杜绝“跑、冒、滴、漏”现象，确保强农惠农资金安全、合规、有效使用。
（三）规范运作程序。各级各有关涉农资金管理部门和单位，要进一步规范权力运行，着力抓好规范权力运行规程和规范行政自由裁量权工作，细化量化裁量标准，压缩自由裁量空间，优化强农惠农项目资金分配使用管理程序。要着力加强政务公开工作，当前要着重推行重点强农惠农项目资金公开公示，接受社会各界群众的监督，确保项目资金“阳光”运作、公正透明。要充分利用电视、报刊等新闻媒体加大强农惠农政策的宣传力度，同时，还要积极利用各部门的门户网、单位系统网进行政务信息公开，将有关强农惠农政策、制度、办法、立项指南等在网上进行公布，让基层群众及时了解信息，掌握动态，提高政策透明度。要进一步创新资金分配管理机制，积极推广公式法、因素法等资金分配方式，推行专家评审制度，避免强农惠农资金安排的随意性，实现公正、公平分配资金。有条件的地方和部门，要通过加强信息技术平台建设，开展网上审批，实现资金全程网络监控，促进强农惠农资金管理的科学化、规范化。
（四）建立健全制度。各县（市、区）结合实际及时制订和完善强农惠农专项资金管理实施办法和制度，进一步明确强农惠农专项资金申报条件、扶持重点、使用范围、报批程序、资金拨付与监管、检查验收方法等，严格按制度管理。要积极推行“一折通”或“一卡通”，对石油价格补贴、粮食综合补贴、良种补贴、生态公益林、农村低保等补贴类资金，要坚持方便群众原则，通过“一折通” 或“一卡通”等方式，及时足额地兑现给农民，切实把强农惠农实事办好。要认真落实工程项目“五制”，重点工程项目要认真落实项目法人责任制度、招投标制度、合同管理制度、工程监理制度、竣工验收制度，做到项目建设有人管，资金风险有人担。项目竣工验收后，有关部门应及时办理资产移交，明确工作职责，落实管护措施，建立强农惠农工程项目建设与管护并重的良性运行机制，确保强农惠农工程能够长期发挥效益。要推行激励约束并重、奖惩结合、奖罚分明的绩效考评制度和责任追究制度，加强项目跟踪问效，逐步扩大强农惠农项目资金绩效考评范围，进一步强化以结果为导向的资金分配激励机制。
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