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为妥善处理相关区县财力关系，在“重大企业”迁移三年内（从迁移当年计算起），以“重大利益额度”为依据，每年通过市与区县财力结算，相应增加迁出地区县定额补助和迁入区县定额上解。即：某一“重大企业”迁移后，迁入地区县定额上解＝迁出地区县定额补助＝该“重大企业”的“重大利益额度”。
年度终了后，双方区县对当年相互迁入、迁出的全部“重大企业”的“重大利益额度”进行清算，确定双方区县“重大利益调整额度”及上解方与补助方。
2.工作流程
一是在“重大企业”迁移当年，由迁出地区县联席会议办公室协调迁入地区县联席会议办公室，对企业变更工商税务登记关系及纳税额度进行确认，并签订确认书。
二是在年度终了后10个工作日内，由双方区县财政部门共同行文，向市财政局提出调整重大利益的书面申请。申请报告包括：双方区县全部“重大企业”的纳税人名称、工商登记证号码、税务登记证号码、企业迁移原因、“重大利益额度”及企业迁移前三年分年度的区县级一般预算收入和分税种明细情况、迁移当年该企业在迁出地区县累计缴纳的区县级一般预算收入就分税种明细情况、“重大利益调整额度”及上解方与补助方等内容，并加盖双方区县财政、工商、国税、地税四部门公章。三是市财政局在“重大企业”迁移三年内（从迁移当年计算起），每年通过市与区县财力结算，增加有关区县的定额上解和定额补助。
3.特殊情况
（1）若迁移当年，“重大企业”在迁出地区县已缴纳过区县级一般预算收入，则迁入地区县定额上解＝迁出地区县定额补助＝该“重大企业”的“重大利益额度”-该企业当年在迁出地区县已缴纳的区县级一般预算收入。当该“重大企业”的“重大利益额度”＜该企业当年在迁出地区县已缴纳的区县级一般预算收入时，迁入地区县定额上解＝迁出地区县定额补助＝0。
（2）若“重点企业”在迁移后的第二年、第三年内再次迁移，由第一次迁入区县协调原迁出区县与新迁入区县对“重大利益额度”进行清算。
（3）对企业合并重组、迁移前三年缴纳区县级一般预算收入年度平均值小于1000万元等不符合重大利益协调机制条件的企业跨区县迁移行为，原则上不作调整。迁入地区县与迁出地区县最终协商一致的，可参照“重大利益协调机制”办理，定额上解和定额补助以双方区县协商一致的数额为准。
（4）对符合“重大利益额度”标准、但属于受国家及北京市产业结构调整政策影响而进行的生产型企业外迁等特殊情况，迁入地区县与迁出地区县商定一致后，可不按照“重大利益协调机制”办理。
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