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医疗机构要为受检者建立健康档案。建档工作严格按照卫生部《城乡居民健康档案管理规范（2009版）》执行。
（5）健康体检经费拨付
根据确定的新农合健康体检项目的收费标准，结合医疗机构提供的优惠条件，合理确定新农合基金支付标准，原则上收费标准应让体检服务的供方、需方和支付方均能接受。
体检工作完成后，新农合经办机构对医疗机构开展新农合健康体检的情况进行认真核查，并将体检机构、受检者名单、体检项目、体检费用等公示，公示期间无异议或举报的，方可将健康体检经费拨付医疗机构。禁止从新农合基金中预算安排资金或预拨的方式，将健康体检资金直接划拨给体检医疗机构。
（6）其他
实施健康体检，应视各统筹县（市）门诊统筹基金结余情况而定，但应与基本公共卫生服务均等化中提出的居民健康档案和健康体检工作相互衔接。
（四）其他补偿
1、特殊重大疾病住院补偿
在新农合运行年度内，对患有重大疾病的参合农牧民除享受常规住院补偿外，还可享受新农合统筹基金给予的大病补偿。
（1）补偿范围。在新农合运行年度内，参合农牧民住院符合新农合住院病种，其单次住院所发生的医疗费用超过4万元（含4万元）的，属于大病补偿范围。
（2）补偿标准。各地可根据当地新农合基金筹集和使用的总体情况，采取住院可补偿医疗费用中未予补偿的住院医疗费用按25%的比例一次性补偿，每人每年只能享受一次，最高补偿不超过当地规定住院补偿封顶线，不抵顶常规住院补偿应得部分。
（3）补偿方式。参合农牧民住院终结，持《新农合证》、户口薄（或身份证）、住院诊断证明、住院统一发票、住院医疗费用清单到所属统筹地区新农合经办机构办理大病补偿申请手续。凡符合条件的，应开展即时补偿。具体实施办法由各统筹县（市）自行制定。
2、新生儿补偿
新农合年度筹资时未出生的新生儿在产后10日（含10日）内因疾病住院而发生的医药费用应纳入补偿范围，新生儿出生10日后因患疾病（传染病除外）所发生的住院费用在新农合运行年度内不予补偿，鼓励孕产妇为即将出生的孩子提前缴纳参合资金。
3、二次补偿
在新农合运行年度内，新农合统筹基金结余率（不含风险基金）预计在20％以上的，可对新农合运行年度内已发生住院补偿的参合农牧民实行二次补偿。
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