各级环保部门负责对畜禽养殖污染治理实行统一的监督管理。
各级农业部门负责对畜禽养殖污染治理设施建设和运行进行指导、服务与管理。
各级发展改革、建设、国土资源、林水、城管、财政、卫生、工商等部门协同做好畜禽养殖污染治理设施的建设和运行管理工作。
乡镇政府（街道办事处）负责对本行政区域内畜禽养殖污染治理设施建设和运行情况进行监督管理。
四、建设要求
（一）对新建、改建、扩建的集约化畜禽养殖场、养殖小区，严格执行环境影响评价制度，按管理级别依法进行环境影响评价，并按规定办理环保许可审批手续。集约化养殖场和养殖小区的污染防治设施，应由有资质的单位设计施工，与主体工程实行同时设计、同时施工、同时投入使用。设计及施工等相关资料要妥善保管。同时，要在投产时一并落实畜禽养殖废渣和污水综合利用措施。污染防治设施和配套环保设施建设完工后，由建设单位申请验收，经环保部门验收合格后方可投入使用；验收不合格的，不得投入生产或使用。
（二）畜禽养殖经营者要在养殖场和污染防治设施设计建设过程中树立循环利用的理念，采用清洁生产工艺，因地制宜地采取机械、物理、生物、生态等方式，减少畜禽养殖废弃物的产生量和排放量，确保污染防治设施的处理能力与饲养规模相适应。同时，通过农牧结合和生产有机肥等方式对畜禽养殖废弃物实行无害化处理和资源化利用，实现清洁生产。
（三）畜禽养殖经营者要严格按照环境评估报告和污染防治设施建设的设计要求规范施工，严把工程质量关。乡镇政府（街道办事处）及相关职能部门要加强监督，确保建设质量。重大建设工程应按照国家建设工程招投标有关规定实施招投标，做到设计、施工、监理规范，确保安全施工、达标排放、长效治理。
五、运行管理要求
（一）验收合格的污染防治设施必须及时投入使用。污染防治设施实行清污分流和粪尿干湿分离，减少污水处理量，提高设施的使用功效。每个畜禽养殖场只能设置1个符合环保要求的标准化排污口，并及时排除污染防治设施存在的安全隐患，在危险处设置警示牌。
（二）污染防治设施的使用者应确定设施维护人，落实相关责任和维护资金，定期进行检修维护，确保设施完好和正常使用，严防因设施破损导致污染物渗漏、流失、遗撒等造成环境污染。
（三）污染防治设施维护人要加强对设施的日常维护管理，详细记录设施的运转情况。对储粪房、污水池及时进行清运，对废弃物实施综合利用，特别要防止因雨季下暴雨造成污水溢流、粪便淋失等污染环境现象。
