（二）创新工作方法，摸索总结并及时推广清理工作经验。在清理工作初期，依法行政领导小组积极抓好试点工作，确定省农业厅、省卫生厅、省工商局三家单位作为清理审核试点单位，试点工作结束后认真总结经验，形成了工作简报，供其它部门借鉴和参考。在总结推广试点工作经验的基础上，严格按照部门报送意见、汇总审核处理、分别协商认定、公开征求意见、专家咨询论证、领导小组讨论等程序，对省级部门报送的现有行政审批项目清理结果，开展了较为深入、细致的清理审核工作，有效避免了清理审核中出现错项、漏项和职能交叉的问题。
（三）合理界定划分清理范围。列入我省第四轮行政审批项目清理范围的省级部门与前三轮有所不同。第一轮清理工作列入42个省级部门，第二轮清理工作列入47个省级部门，第三轮清理工作列入63个省级部门（含14个中央驻滇单位）。第三轮清理工作完成后，保留实施的行政审批项目共1044项。第四轮清理工作列入58个省级部门（含8个有地方立法实施职责的中央驻滇单位），并将省级部门管理的机构和其它组织实施的行政审批项目，列入其主管部门的清理范围一并进行清理。因此，实际列入清理范围的单位比前三轮有所增加，列入清理范围的行政审批项目也相应增加。另外，在各部门报送的现有行政审批项目中，有些属新设定的项目，还有前三轮清理时漏报的项目，也使列入清理范围的行政审批项目有所增加。
（四）严格确定清理工作的原则和依据。我省第四轮清理工作将行政审批项目区分为行政许可项目和非行政许可审批项目。清理工作坚持合法、合理、效能、责任、监督的原则，注重行政审批合法性与合理性的统一，既看其设定是否符合法定的权限和程序，又看其实施是否符合经济社会发展的要求，是否符合云南实际。对既合法又合理的项目，予以保留；对国务院已经取消的项目和我省自行设定的既不合法也不合理的项目，以及可以由市场主体自主决定，由行业组织、中介机构自律管理的项目，予以取消；对可以由州（市）级以下机关实施的项目，予以下放；对由同一部门实施的内容相近的项目，予以合并。清理工作的主要依据是：《
中华人民共和国行政许可法》、《
国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号）、《
国务院办公厅关于保留部分非行政许可审批项目的通知》（国办发〔2004〕62号）、《
国务院关于取消第一批行政审批项目的决定》（国发〔2002〕24号）、《
国务院关于取消第二批行政审批项目和改变一批行政审批项目管理方式的决定》（国发〔2003〕5号）、《
国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定》（国发〔2004〕16号）、《
国务院关于第四批取消和调整行政审批项目的决定》（国发〔2007〕33号）；云南省人民政府令第98、102、103、115、125、144号及《云南省人民政府关于继续深化行政审批制度改革的通知》。专项适用的审核依据还有行政审批项目的设定依据。
