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政府举办的乡镇卫生院、乡镇卫生防保单位人员的编制，以所在地农业户籍人口数量为基数，按一定比例核定。政府举办的社区卫生服务中心人员编制，以服务人口数量为基数，按一定比例核定。基层医疗卫生机构核定的人员编制，作为其聘用人员的依据。
（二）推进人事制度改革
乡镇卫生院院长、社区卫生服务中心主任，由县级卫生部门会同相关部门公开选拔、择优聘任，实行任期目标责任制，任期一般为3年。实行卫生技术人员资格准入制度。鼓励大学生到基层医疗卫生机构工作。基层医疗卫生机构在核定的编制范围内，按照人事部门核准的设岗方案，所有人员实行竞聘上岗、全员聘用、合同管理。未聘人员采取多种方式妥善安置。
（三）推进分配制度改革
按照国家、省、市有关规定，建立按岗定酬、按工作业绩取酬的内部分配激励机制，实行绩效工资。基层医疗卫生机构依据公共卫生服务、基本医疗服务任务制定内部分配管理办法，定期组织对职工绩效进行考核，考核结果与职工个人收入挂钩，并根据国家和省有关规定实施绩效工资。
根据基层医疗卫生机构的功能定位，科学核定承担的工作任务。基本公共卫生服务任务根据承担的公共卫生服务的人口数量、服务质量和服务半径核定； 基本医疗服务任务根据前3年医疗服务平均人次数、收入情况，并综合考虑影响医疗服务任务的特殊因素核定。
建立以服务数量、质量、效果和居民满意度为核心的公开透明、动态更新、便于操作的工作任务考核机制。市（县）、区卫生行政部门组织对基层医疗卫生机构进行绩效考核，人力资源和社会保障、财政等部门对考核结果进行审核，考核结果与经费补助挂钩。
（四）推进基本药物制度改革
基层医疗卫生机构实施国家基本药物制度，执行国家确定的基本药物目录有关规定。基本药物由省统一网上集中招标采购、统一定价，取消药品加成，基本药物实行零差率销售。增加的非目录药品由省统一网上集中招标采购、实行零差率销售。基层医疗卫生机构使用基本药物的比例应占使用药物的80%以上。贯彻执行国家基本药物临床应用指南和基本药物处方集，确保规范使用。
基本药物由省根据招标等情况统一确定采购品种、采购限价，统一确定生产企业及配送企业条件，以省为单位统一集中采购药品，以市为单位统一招标配送企业。基层医疗卫生机构现有库存的基本药物药品全部按进价销售，不得高于国家指导价和省采购价。
（五）推进政府补偿机制改革
对政府举办的基层医疗卫生机构，在严格界定功能和任务、核定人员编制、核定收支范围和标准、转变运行机制的同时，政府负责保障按国家规定核定的基本建设、设备购置、人员经费和其承担的公共卫生服务的业务经费，使其正常运行。市（县）、区政府承担基层医疗卫生机构综合改革所需经费的主要责任。
政府举办的基层医疗卫生机构基本建设和设备购置等发展建设支出，由市（县）、区政府根据基层医疗卫生机构发展建设规划统筹安排。政府举办的基层医疗卫生机构人员经费和业务经费等运行成本通过服务收费和政府补助补偿，政府补助按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法核定。医务人员工资水平与当地事业单位平均工资水平相衔接。离退休人员符合国家规定的离退休费用，在事业单位养老保险制度改革前，由同级财政部门根据国家有关规定核定补助。政府对核定的收支差额给予补助。有条件的地区，政府举办基层医疗卫生机构可探索实行收支两条线管理。
政府对一体化管理的行政村卫生室给予适当补助。政府对村医补助资金由省市县（区）政府共同承担。
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