第十三条 省、市级定点医疗机构同县级新农合管理经办机构结算新农合垫付补偿资金时，应提交以下材料：
1、申请新农合补偿资金结算报告，包括结算期内参合患者住院人数、总医疗费用、人均住院费用、平均可报销费用比例、实际补偿率、补偿资金总额、人均补偿金额等情况；
2、结算期内新农合住院补偿明细汇总表；
3、参合患者费用补偿申请材料：身份证 (或户口簿)复印件、合作医疗证复印件、转诊证明(或审批单)、出院小结和疾病诊断证明书、住院费用详细清单、住院医药费用结算发票原件、住院补偿审批表。
第十四条 县级新农合管理经办机构按照《湖南省新型农村合作医疗费用报销结算程序》对定点医疗机构申报的材料进行审核、审批，按照审批的补偿金额向申请结算的定点医疗机构拨付补偿资金。
第十五条 县级新农合管理经办机构和省、市级定点医疗机构在新农合住院费用补偿和补偿资金结算过程中如发生争议，双方应协商妥善解决。出现重大分歧和异议，双方不能达成一致的，应提请省、市级卫生行政部门根据核实的情况和专家会审意见裁定。
第四章 监督管理
第十六条 省、市级卫生行政部门要按照《湖南省新型农村合作医疗定点医疗机构管理办法》对本级新农合定点医疗机构实行动态管理，认真落实定点资格复审制度，对定点资格复审不合格的单位要取消定点资格。要在两年内将住院费用即时补偿结算工作的开展逐步列入新农合定点医疗机构资格确认的必备条件，确保全省新农合定点医疗机构住院费用即时补偿结算工作的全面推进。
第十七条 省、市卫生行政部门要结合所属各定点医疗机构的实际，对新农合费用控制指标和即时补偿结算工作实行目标管理，明确对各定点医疗机构参合病人次均住院费用、可报销费用比例等具体要求，定期进行监测分析和考核。费用指标控制的情况应定期进行通报，并与定点资格的复审确认及年终考核评比挂钩。
第十八条 县级新农合管理经办机构应结合实际实施参合人员住院转诊制度，参合人员因病情需要到省、市级定点医疗机构住院治疗的，原则上应由县级新农合管理经办机构或县级以上定点医院开具转诊证明(或审批单)。县级新农合管理经办机构不得违背参合人员意愿强行指定转诊至某个省、市级定点医疗机构。
