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（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担信息、宣传、财务、信访、统计、政务公开等工作；拟订审计工作年度计划；牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计发现问题的纠正和处理结果报告；管理监督直属单位的财务收支。
（二）法规处（审计督察处）
起草地方审计工作规范；审理有关审计业务事项；承担机关行政复议、行政应诉等工作；依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题。
（三）财政金融审计处
组织审计市本级预算执行和其他财政收支情况；组织审计市（区）政府预算执行、决算和其他财政收支情况；组织审计市属国有金融机构和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。
（四）行政事业审计处
组织审计市人大机关、市政协机关、市法院机关、市检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；组织审计市政府有关部门和直属单位的财政财务收支；组织审计市政府主管部门和市（区）政府管理的教科文卫专项资金；开展相关专项审计调查。
（五）农业与资源环保审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市政府主管部门和市（区）政府管理的农业专项资金、资源能源及生态环境保护资金；开展相关专项审计调查。
（六）固定资产投资审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市级政府投资和以市级政府投资为主的建设项目的预算执行情况及决算；组织对市属国有施工企业的审计监督；开展相关专项审计调查。
（七）经贸审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市属国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债及损益；开展相关专项审计调查。
（八）社会保障审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；组织审计市政府主管部门、市（区）政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金及住房公积金等；开展相关专项审计调查。
（九）外资运用审计处
组织审计市政府有关部门的财政收支；根据省审计厅授权，组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；组织审计市属有关企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。
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