一是使用国家所有水域滩涂从事养殖生产的，由养殖生产者提出申请，办理养殖证。
二是使用集体所有水域滩涂从事养殖生产的，以家庭承包方式使用的，由村集体（发包方）统一申请办理，养殖证发给承包人；以招标、拍卖、公开协商等方式承包使用的，由承包方持养殖水域、滩涂所有者同意证明材料，申请养殖证。
三是国家所有由农村集体使用从事养殖生产的，由农村集体组织申请办理养殖证。
按照保持水域滩涂养殖使用权长期稳定的原则，合理确定养殖证有效期限。除临时养殖区外，使用国家所有水域滩涂的，养殖证期限在不突破国家有关规定上限的基础上，最低不得少于5年；使用集体所有水域滩涂的，一般要与承包合同期限相符合，或在承包期允许的情况下不得少于3年。
各级政府和渔业行政主管部门要根据职责分工，积极推进养殖发证登记工作，对符合条件的养殖申请，要严格按规定时限受理、核查、登记、发证，不得推诿拖延。除有权属争议的养殖水域滩涂外，在2年内各地养殖发证登记率要达到95%以上。
四、加强组织协调，确保落实水域滩涂养殖证制度
各级政府要加强组织领导，及时协调解决工作中出现的问题和矛盾，把实施养殖证制度列入各级政府工作的重要议事日程，建立规划编制和发证登记工作备案、通报制度。发放养殖证不得收取任何费用，本着分级负责的原则，省级财政负责解决养殖证印制经费。县级财政要安排专项经费，主要用于养殖证登记发放的测绘、审核、公示、公告等经费，确保发证登记工作顺利开展。渔业行政主管部门要改进管理手段，完善操作规程，报经当地人民政府授权同意后，刻制“水域滩涂养殖证专用章”，用于办理养殖证发放、登记、变更等事宜，进一步提高工作效率和质量。
加强
《物权法》的落实，发挥好养殖证的功能和作用。省有关部门要尽快制定出台养殖水域滩涂征（占）用补偿办法和标准，建立养殖使用权救济制度，积极探索养殖证的物权抵押功能，盘活养殖使用权，开展渔业养殖权政策性保险试点，建立稳定的渔业养殖风险保障制度，要将实施支渔惠渔政策与养殖证紧密挂钩，把养殖证作为各级财政补贴、项目建设和灾害救济的基本条件之一。
加强协调配合。各级渔业行政主管部门要切实做好宣传和管理服务工作，使各级政府、各有关部门和养殖生产者充分认识养殖发证登记工作的重要性，了解工作程序和步骤，加大对违法违规养殖生产行为的查处，依法维护养殖生产秩序。各级财政、国土资源、农业、林业、水利等部门要密切配合，各司其职，积极参与和支持实施养殖证制度，使土地承包经营权证、林权证、海域使用证、养殖证有机结合，共同维护好渔民合法权益和渔区社会稳定。
