（五）行政事业审计科
负责审计与州级财政有拨缴款关系的州人大机关、州政协机关、州法院机关、州检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计州政府有关部门和直属事业单位及下属单位的财务收支；开展专项审计和审计调查；负责指导全州行政事业单位审计业务。
（六）经贸审计科
负责审计州政府有关部门及下属单位的财务收支；负责对国有企业及国有控股企业的审计监督；负责对工业、物贸行业管理的审计监督；开展专题审计和审计调查；指导全州经贸审计业务。
（七）农业与资源环保审计科
负责审计州政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计全州农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导全州农业与资源环保审计业务。
（八）社会保障审计科
负责审计州政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由州政府主管部门管理和受州政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计县市以下政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导全州社会保障审计业务。
（九）固定资产投资审计科
根据国家有关法律法规和国务院、省政府、州政府规定，负责对国家重点建设项目的概预算执行和决算的审计监督，组织对国家投资的其他建设项目进行审计监督；负责组织对国有施工企业的审计监督；开展专题审计和审计调查；指导全州固定资产投资审计业务。
（十）外资运用审计科
负责审计在恩施州的国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；负责提供在恩施州的世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告；开展专项审计和审计调查；指导全州外资运用审计业务。
机关党组织、纪检监察机构、工会按有关规定设置。
四、专设机构
州经济责任审计局
为恩施州审计局专设机构，对外挂恩施州经济责任审计局牌子。负责制定有关经济责任审计制度；调研经济责任审计相关事项；组织、实施州管党政干部、州属国有企业及国有控股企业和州属事业单位负责人经济责任审计；指导全州经济责任审计工作；承担州经济责任审计工作领导小组办公室的日常工作。
