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市指挥部由主管农业副市长担任总指挥，市畜牧兽医局局长担任副总指挥，负责统一领导、指挥本市行政区域内特别重大、重大突发动物疫情、较大突发动物疫情，或需市政府直接指挥、处置的突发重大动物疫情的应对工作，决策有关重大事项。
市指挥部成员单位根据突发重大动物疫情的性质和应急处理需要确定，主要包括市畜牧兽医局、市农委、市委宣传部、市发改委、市财政局、市科技局、市公安局、市监察局、市民政局、市卫生局、市交通局、七台河火车站、市商务局、市工商局、市林业局、市司法局、市军分区等部门和单位。
市指挥部各成员单位的职责如下：
市畜牧兽医局：负责组织制定突发重大动物疫情防治技术方案；统一组织实施突发重大动物疫情的预防控制措施，并进行检查、督导；疫病确认，划定疫点、疫区、受威胁区，提出封锁等建议；建立重大动物疫情防疫物资储备库，储备疫苗、消毒药、防护用品、交通及通讯工具等，并负责日常管理，紧急组织调拨疫苗、消毒药品等应急防疫物资；评估疫情处理及补贴所需资金，安排资金使用计划；对相关人员进行重大动物疫病知识、应急处理相关知识和技能培训。
市委宣传部：组织新闻媒体和有关单位及时报道突发重大动物疫情信息，加强对疫情应急处理和防疫知识的宣传报道，公开相关信息，做好舆论导向工作。
市发改委：负责重大动物疫情防疫物资贮运等基础设施建设的计划安排，协调防护用品和生活必需品的应急生产。
市财政局：负责落实重大动物疫情应急资金和防疫物资储备资金，并做好资金使用的监管工作。
市监察局：负责监督检查国家行政机关及其工作人员在突发重大动物疫情应急处理工作中履行职责情况。
市商务局：负责做好发生突发重大动物疫情期间生活必需品的市场供应工作，维护市场秩序，以及疫区内动物产品经营部门、屠宰加工单位和个人的管理。
市科技局：负责紧急动物疫情应急控制技术储备，安排重大动物疫病防治课题的研究。
市公安局：协助做好疫区封锁、疫点内染疫动物和同群动物的捕杀、动物防疫和监督检查等项工作，负责疫区社会治安管理和安全保卫工作，维护疫区的社会秩序。
市民政局：负责农村疫区受灾群众的救济工作，统一组织对突发重大动物疫情的社会捐助工作。
市卫生局：负责疫区内人群的疫情监测、预防和诊疗工作。
市交通局、七台河火车站：负责优先安排运送控制扑灭疫情的人员、防疫物资和检测样本的运输，配合畜牧兽医部门做好疫区封锁和动物防疫监督检查站工作。
市工商局：根据对疫区封锁情况，关闭疫区内的相关动物及其产品经营和交易场所；打击违法经营行为。
市司法局、林业局、七台河军分区：在市指挥部统一领导和协调下，负责做好本系统的重大动物疫情处理工作。
市政府其他有关部门应当按照各自的职责和市指挥部的要求，做好突发重大动物疫情应急处理的相关工作。
市指挥部办公室设在市畜牧兽医局。负责按照市应急指挥部要求，制定防治政策、措施，部署扑灭突发重大动物疫情工作，并督促区县各有关部门按要求落实各项防治措施。
2.1.2 区县指挥部的组成和职责
区县指挥部由同级政府的主要负责人担任总指挥，有关部门和单位为成员单位，负责统一领导、指挥本行政区域内突发重大动物疫情应急处理工作。
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