根据上述职责，特巡警支队内设11个机构，即：政秘科、警务作训保障科、法制科、六个勤务大队、一个特勤大队和320国道治安巡逻大队（均为正科级）。
特巡警支队专项行政编制134名。
领导职数：支队长、政委各1名（副县级），正科级职数25名：副支队长3名、副政委2名、纪委书记1名，内设科科长各1名，大队大队长、教导员各1名。副科级职数19名：内设科副科长各1名，大队副大队长各2名。
（四）市公安局缉毒支队（萍乡市禁毒领导小组办公室，以下简称缉毒支队，正科级）。其主要职责是：掌握全市毒品违法犯罪活动动态，研究拟定预防、打击对策；组织、指导、监督对毒品犯罪案件的侦查；协调跨县区、跨省市毒品犯罪案件的侦查工作；组织、指导开展禁毒、戒毒宣传教育工作；承办市禁毒领导小组办公室的日常管理工作。
缉毒支队专项行政编制17名。
领导职数：正科级领导职数2名：支队长、政委各1名（副县级），副科级职数3名：副支队长3名。
（五）市看守所（正科级）。其主要职责是：负责对在押人犯的管理、教育及投劳工作；负责对短劳人员的教育、管理和改造工作。负责对被刑事拘留、治安拘留人员的管理教育；负责执行治安拘留和对劳教的投教押解工作。
市看守所专项行政编制31名。
领导职数：正科级领导职数2名：所长、政委各1名，副科级领导职数3名：副所长3名。
（六）市拘留所（正科级）。其主要职责是：负责对在押人犯的管理、教育及投劳工作；负责对短劳人员的教育、管理和改造工作；负责对被刑事拘留、治安拘留人员的管理教育；负责执行治安拘留和对劳教的投教押解工作。
市拘留所专项行政编制26名。领导职数：正科级领导职数2名：所长、政委各1名，副科级领导职数3名：副所长3名。
（七）市公安局强制隔离戒毒所（以下简称戒毒所，正科级）。其主要职责是：负责对全市吸毒人员的强制戒毒。
戒毒所专项行政编制14名。领导职数：正科级领导职数2名：所长、政委各1名，副科级领导职数2名：副所长2名。
（八）市公安局戒毒康复中心（正科级）
其主要职责：负责戒毒康复人员的思想引导、法律道德教育、劳动技能培训以及帮教等工作。
市公安局戒毒康复中心专项行政编制6名。
领导职数：正副科级领导职数各1名：主任、副主任各1名。
六、派驻机构
