1.任务确定
每个周期开始前，由“创新团队”首席专家组织各岗位专家和本产业的相关科技人员，在充分征询国家体系专家、了解国家体系进展信息的前提下，全面调查征集本产业需要解决的关键技术问题和服务要求，对照“创新团队”承担的任务职责，制订本产业的任务规划及分年度计划，报省农业厅、财政厅，经专家管理委员会审议后下达。
2.任务执行
根据审批下达的任务规划及分年度计划，“创新团队”首席专家组织制订任务分解和具体实施方案，经岗位专家共同讨论后，将任务具体落实到每个岗位和综合试验站，并组织实施。
“创新团队”的任务分解、考核指标、相关职责依合同协议加以规范。每个周期由首席专家及其依托单位与省农业厅、财政厅签订任务书。每个年度由首席专家（依托单位）与各岗位专家（依托单位）、综合试验站分别签订任务委托协议。上述签订的任务书、任务委托协议作为任务分解、执行和督查的依据，及时报省农业厅、财政厅备案。首席专家、岗位专家、综合试验站和相关责任人，按照任务书、任务委托协议规定的内容指标开展相关研发、试验示范等工作；共性技术研发平台主任要主动牵头组织同专业岗位专家的横向交流合作，积极开展学术活动，其工作业绩纳入绩效考核的内容。
3.绩效考核
按照省农业厅、财政厅制定的绩效考核办法（另行制定），监督评估委员会对“创新团队”进行绩效考核和评价。根据任务书、任务委托协议和相关管理要求，对“创新团队”及其首席专家、岗位专家进行年度绩效考核和周期绩效考核，考核结果分为良好、合格、不合格三种。根据考核结果，提出整改意见，督促整改措施落实；对考核不合格或确不适应任务的专家，提出调整意见；对业绩突出的，积极推荐承担其它科技计划和申报科技奖励荣誉。
五、保障措施
现代农业产业技术体系创新团队建设是在现行体制下，充分利用存量资源和部分增量资源加快推进农业科技创新的重要举措，是农业科技管理方式的有益探索，需要各级政府和相关部门、各依托单位的相互协作和共同支持，在资金、人员、设施条件等方面提供有力保障。
（一）经费支持保障
“创新团队建设”要充分利用现有的农业科技资源和项目支持存量，加强资源挖潜，最大限度地发挥现有资源和支持存量的作用。同时，安排专项经费，用增量带动存量，保障体系运转。创新团队建设资金主要由基本建设支出、人员基本经费、基本研发费、仪器设备购置费等构成，采取依托单位和财政共同承担、以依托单位为主的办法统筹解决。其中基本建设支出、人员基本经费由依托单位按现有渠道解决。省财政设立专项资金，用于创新团队建设的基本研发费和仪器设备购置费补助。对经批准的仪器设备购置费，省财政在本专项资金内按50%给予补助，其余50%由依托单位或市县财政负担。对于首席专家、岗位专家，分别按照50万元/年、30万元/年的标准给予补助（具体资金管理办法另行制定）。
