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（三）专项审计和审计调查查出的主要问题。
1.税收征管问题。在对地税系统税收征管质量的审计检查中，重点抽查了56户纳税单位，发现有36户纳税单位存在税收征管问题。一是少征税款，有关税务机关对14户纳税单位少征税款4.03亿元。二是多征税款，有关税务机关对12户纳税单位多征税款5416.37万元。三是延缓征收税款，有关税务机关对11户纳税单位实现的税款延迟征收入库，涉及税额6.7亿元。四是办理退税不合规，1个市地税局所属分局对既未超缴税款也不享受税收优惠政策的3户纳税单位办理房产税、土地使用税退税596.62万元；1个县地税局对1户享受高新技术企业所得税优惠政策的公司少退企业所得税758.16万元。另外，在对10户企业领导人员的经济责任审计中发现，这些企业截至2008年底累计漏缴欠缴税款7.29亿元，其中企业所得税6.31亿元、增值税7277万元、营业税及附加等2464万元。
2.社保基金审计发现的主要问题。一是企业欠缴社会保险费。截至2008年底，全省16个市（不含省本级和青岛市）累计欠缴社会保险费25.34亿元，其中养老保险18亿元、医疗保险2.02亿元、失业保险4.11亿元、工伤保险7072.77万元、生育保险5101.86万元。二是财政部门欠拨财政供养人员保险费。截至2008年底，共有8个县（市、区）欠拨医疗、失业等保险费累计6757.31万元。三是擅自调低缴费比例、减少基金收入。2008年，1个县级市的机关事业单位少缴医疗保险费1559万元；3个县（区）的机关事业单位少缴失业保险费1683.92万元。四是少计和延压保险费收入。2008年，8个市的经办机构将征收的保险费计入暂收款或延迟计入下一年度，造成少计缓计保险费收入4.14亿元。五是基金使用管理不规范。1个县2008年底虚列医疗基金支出转暂存款561.31万元；3个县（区）将应在个人医保卡上管理的个人账户资金1806.29万元，拨入被保险人个人存折存放。
3.政府投资保障性住房审计调查发现的主要问题。一是挤占廉租住房保障资金3804万元。二是少计提廉租住房保障资金3.54亿元。三是拖欠应上缴的住房保障资金2163万元。四是部分市配套资金不到位1.31亿元。
4.北川灾后恢复重建跟踪审计未发现挤占挪用、损失浪费等重大违法违规以及重大质量问题，但个别项目存在未履行建设用地、初步设计、规划和施工许可等前期审批手续以及超计划投资等问题。
5.玉树地震救灾资金物资跟踪审计未发现贪污挪用、徇私舞弊等重大违纪违规问题，但部分市存在捐赠资金汇缴不及时问题。
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