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市（州）、县（市、区）食品药品监管机构作为同级政府的工作部门，其行政编制分别纳入市（州）、县（市、区）行政编制总额。具体编制数由省机构编制部门以2009年12月31日前下达的行政编制为基数另文下达。体制调整后，相应调整机构编制管理权限，各市（州）、县（市、区）食品药品监管部门的机构编制事项由同级机构编制部门按照有关规定进行管理。省机构编制部门为各地食品药品监管机构及其所属事业单位核定的事业编制（含机关工勤人员事业编制）全部核销，由各市（州）、县（市、区）机构编制部门按照从严从紧的原则、参照原编制数重新合理核定。市（州）、县（市、区）食品药品监管机构及其所属事业单位下划移交涉及的机构设置、人员编制、领导职数等，由省委编办、省食品药品监管局核实提供。
（二）关于人员管理。市（州）、县（市、区）食品药品监管机构及其所属事业单位的在编人员、离退休人员名册由省食品药品监管局按相关政策规定核实提供，其人员由省食品药品监管局负责移交各地政府管理。各级人事、卫生、食品药品监管部门要有针对性地做好干部职工的思想政治工作，关心和帮助解决他们的实际困难，妥善解决好干部的工作安排问题，对异地交流任职干部在这次体制调整中原则按原任职级相应安排。超职数安排的，今后逐步消化。各地政府要妥善安排好已撤销县（市、区）药检所的在编在职人员和离退休人员。
（三）关于经费预算。市（州）、县（市、区）食品药品监管机构及其所属事业单位人员移交各地政府后，其财政隶属关系从2010年1月1日起划转各市（州）及县（市、区）管理，其中：基本支出划转基数按2009年一般预算实际执行数核定，项目支出划转基数按2009年一般预算实际执行数剔除中央专项补助，基建、灾后重建等一次性因素以及省统筹专项后的余额核定。
食品药品监督管理体制调整后，其非税收入按照财政隶属关系分别缴入同级财政金库或专户。各市（州）、扩权试点县（市）以2009年缴入省级财政金库的药监系统非税收入为基数定额上解省级财政。职工的各类社会保险均按照各地的相关规定办理，与当地同类人员享受同等待遇，涉及需由单位（承担）补缴的费用，由同级政府解决。
（四）关于国有资产管理。市（州）、县（市、区）食品药品监管机构的国有资产及债权债务以2009年度财务会计决算数和2009年审计厅对全省食品药品监管系统预算执行审计结果为基数，由省食品药品监管局负责清查、登记、造册，报省直机关事务管理局核准后划转各地政府。各级食品药品监管机构和事业单位的办公、实验用房及设施、设备应专项用于保证食品药品监管机构履行职能工作需要，各地不得平调和挪作它用。
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