积极开展支付方式改革，控制医药费用不合理支出，可推广单病种定额付费和限额付费制度，合理确定病种收费标准，逐步扩大病种范围，严格掌握入出院标准。
发挥社会和舆论监督对医疗机构服务行为的约束作用，推行医药费用查询制、平均住院费用公示及警示制度，完善补偿公示等多项措施，建立医药费用监测和信息发布制度。各级定点医疗机构也要切实加强内部管理，建立健全疾病检查、治疗、用药、收费等方面的规范、制度和自律机制，加强绩效考核。
六、坚持便民的就医和结报方式，积极引导农民参加新农合
全面实行参合农民在统筹区域范围内所有定点医疗机构自主选择就医，出院即时获得补偿的办法。简化农民到县外就医的转诊手续，从 2010 年起，选择 1-2 家市级新农合定点医疗机构开展即时结报试点工作，争取 3 年内实现参合农民在大部分市级、省级新农合定点医疗机构住院都能即时结报新农合补偿费用的目标。
定点医疗机构要按照新农合的规定认真初审并垫付补偿资金。经办机构要强化资料审核，并采取现场抽查、事后回访、网络监管等多种行之有效的方式，对医药费用发生的真实性、合理性进行认真复审。对于不符合新农合补偿规定的费用由医疗机构自行承担，经办机构不予结算。
要加强部门配合，做好新农合与农村医疗救助制度在政策、技术、服务管理和费用结算方面的有效衔接，在县级逐步建立新农合与农村医疗救助的统一服务平台，使贫困参合农民能够方便、快捷地获得新农合补偿和医疗救助补助资金。要实现两项制度的信息共享，积极推行贫困农民就医后在医疗机构当场结算新农合补偿和医疗救助资金的一站式服务，简化手续，方便贫困农民。
要做好新农合、城镇职工和居民基本医疗保险制度在相关政策及经办服务等方面的衔接，按政策规定农村户口中、小学生必须参加新农合，既要保证人人能够享受基本医疗保障，又要避免重复参合（保），重复享受待遇，推动三项制度平衡、协调发展。
积极引导外出务工农民参加新农合制度。外出务工农民的个人参合费用收缴时间可根据实际情况延长至春节前后。要做好外出务工参合农民的就医补偿工作，探索方便外出务工农民就医，简化审核报销程序的有效方式，探索在农民工务工城市确定新农合定点医疗机构。
七、健全管理经办体系，提高经办服务能力
