补偿比例设置：按不同的医疗机构级别和费用段设置不同的补偿比例，引导参加新农合农民充分利用基层医疗卫生资源，逐步取消分段补偿。其中：乡（镇）定点医疗机构的补偿比例为 75 ％左右；县（市、区）定点医疗机构的补偿比例原则上不超过两段，补偿比例一般为 55-60% ；市级、省级定点医疗机构补偿比例分别不低于 45% 和 35% 。非定点医疗机构就医及非正常程序的转诊可考虑在同级别定点医疗机构补偿标准上适当下调。参加新农合农民住院发生的中医适宜技术及中草药服务费用，补偿水平应在原补偿比例上相应提高 10 个百分点。 2009 年，各县（市、区）参加新农合农民实际住院费用实际补助率应不低于 40% ，以后要逐步提高农民住院补助率。
（三）明确基金补偿范围
新农合基金的补偿范围，目前只限于参加新农合农民的医药费用补偿，除外责任、目录外用药、诊疗项目外费用不能纳入补偿范围；应由政府另行安排资金的基本公共卫生服务项目、婚检等非医疗服务项目不应纳入新农合补偿范围，重大公共卫生服务项目（如农村孕产妇住院分娩补助项目）应先执行国家专项补助，剩余部分中的医药费用再按新农合规定给予补偿，但补偿总额不得超过其实际补院费用。
参加新农合农民因危、急、重症等情况在门诊实施紧急抢救后住院的，其门诊紧急抢救费、相关检查费用、药费纳入住院统筹补偿范围。
严格执行有关基金结余的规定。年底基金结余较多的地区，可以按照有关政策规定要求，开展二次补偿，使农民充分受益，但不应将二次补偿作为常规性补偿模式。
五、规范医疗服务行为，控制医药费用不合理增长
要采取多种综合措施规范医疗服务行为。各级卫生行政部门要加强对定点医疗机构服务行为的行政监管，将定点医疗机构做好新农合工作纳入日常工作考核指标体系，对出现的违规违纪行为要按照有关规定严肃处理。要注重发挥协议管理在定点医疗机构管理中的作用，建立健全新农合定点医疗机构的准入和退出机制，通过协议实行动态管理。探索建立本县（市、区）以外定点医疗机构信息沟通和监管制度。各县（市、区）转诊病人原则上到市级定点医疗机构诊治。对定点医疗机构的检查、用药行为进行严格监管，合理控制药品费用和大型设备检查，乡镇卫生院、村卫生室和社区卫生服务机构等基层医疗卫生机构要全部配备使用国家基本药物制度规定的基层用药目录，以降低农民就医负担。
