3、经撤换了直接负责的主管人员后，在规定的整改期间内，依然不建立健全相应管理制度，或者建立相应管理制度，制度依然严重不符合国家相关法定要求的，管理严重混乱，且多次发生因制度不健全而造成的财务、治安、消防和卫生等方面的重大事故，造成严重负面影响的，可以由登记管理机关撤销该宗教活动场所的登记。有非法财物的，予以没收。
四、宗教活动场所内发生重大事故、重大事件未及时报告，造成严重后果
（一）处罚种类：责令改正，责令撤换主管人员，撤销登记。
（二）法律依据：《
宗教事务条例》第
四十一条情形之三：宗教活动场所内发生重大事故、重大事件未及时报告，造成严重后果的，由宗教事务部门责令改正；情节较重的，由登记管理机关责令该团体、宗教活动场所撤换直接负责的主管人员；情节严重的，由登记管理机关撤销该宗教团体、宗教活动场所的登记。
（三）处罚裁量标准：
1、宗教活动场所内发生重大事故、重大事件未及时报告，造成生命财产安全重大损失，或者给民族团结、宗教和睦和社会稳定造成一定负面影响的，由宗教事务部门责令改正；
2、2次以上发生类似情况的，或造成重大灾情和群死群伤，或者出现群体聚集和冲突等，给民族团结、宗教和睦和社会稳定造成严重负面影响的，由登记管理机关责令宗教活动场所撤换直接负责的主管人员；
3、经2次撤换直接负责的主管人员后，仍发生上述类似情况的，由登记管理机关撤销该宗教活动场所的登记。
五、宗教团体、宗教活动场所违背宗教独立自主自办原则
（一）处罚种类：责令改正，责令撤换主管人员，撤销登记，没收非法财物
（二）法律依据：《
宗教事务条例》第
四十一条情形之四：宗教团体、宗教活动场所违反本条例第四条规定，违背宗教独立自主自办原则的，由宗教事务部门责令改正；情节较重的，由登记管理机关责令该团体、宗教活动场所撤换直接负责的主管人员；情节严重的，由登记管理机关撤销该宗教团体、宗教活动场所的登记；有非法财物的，予以没收。
