重大专项项目（课题）通过验收后一个月内，项目（课题）承担单位应当编制项目（课题）决算，将项目（课题）资金使用情况逐级（层）报至牵头组织部门（单位），牵头组织部门（单位）审核汇总后报市财政局。
第十九条 未完项目（课题）的年度结存资金，按规定结转下一年度继续使用。项目（课题）因故中止，项目（课题）承担单位财务部门应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，正式报送牵头组织部门（单位），由牵头组织部门（单位）组织进行清查，研究提出处理意见并报领导小组审核后，报市财政局批复。
第二十条 预算执行过程中实行重大事项报告制度。在项目（课题）执行期间出现项目（课题）目标和计划调整、项目（课题）承担单位变更等影响资金预算执行的重大事项，示范区内项目（课题）承担单位应当及时报牵头组织部门（单位）和市科委批准。
第二十一条 重大专项资金的拨付，按照财政资金支付管理的有关法律法规规定执行。资金使用中涉及政府采购的，按照政府采购有关规定执行。
第二十二条 行政事业单位使用重大专项资金形成的固定资产属国有资产，一般由项目（课题）承担单位进行管理和使用，国家有权进行调配。企业使用重大专项资金形成的固定资产，按照《
企业财务通则》等相关规章制度执行。重大专项资金形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
重大专项资金形成的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，在保障有关参与单位合法权益的基础上，按照国家有关规定开放共享，以减少重复浪费，提高资源使用效率。
第六章 监督检查
第二十三条 示范区内的项目（课题）承担单位应当严格按照本办法的规定，制定内部管理办法，建立健全内部控制制度，加强对重大专项资金的监督和管理。
第二十四条 示范区内的项目（课题）承担单位应当强化预算约束，严格按照本办法规定的资金开支范围和标准支出，严禁使用重大专项资金支付各种罚款、捐款、赞助、投资等，严禁以任何方式牟取私利。
