1、完成注册的企业，按注册时提供的用户名和密码登录创新基金系统，选择申报项目栏目进行操作；
2、按照系统的详细提示，了解和明确操作要求，并提交相关的承诺书和声明，填写申报材料（创新基金系统提供了详细的指标定义和解释、填报说明和要求、以及部分相关学习知识）；
3、企业将填写完成的内容通过网络上传至服务机构，并打印成相同内容的纸质件，同时将相关附件书面副本由企业法人代表签字、企业加盖公章后报送服务机构。
4、服务机构对企业申报材料进行审核认证，提出修改意见和建议，协助企业进行相关的修订工作。
四、申报材料
（一）企业通过创新基金网络工作系统申报后打印的纸质件；
（二）有关附件材料：
1、企业法人营业执照（复印件）；
2、经会计师事务所（或审计师事务所）审计的企业2007年、2008年年度的会计报表和相应的审计报告（含会计师事务所或审计师事务所营业执照、注册会计师证书的复印件），2009年度最近一个月的会计报表。会计报表必须包括资产负债表、损益表、现金流量表及报表附注等；经过审计的财务报表每页需加盖审计单位印章（或盖骑缝章）；
2009年注册的新办企业，报送企业验资报告和申报前最近一个月的企业会计报表；
3、可以说明项目情况的证明文件（如技术报告、查新报告、鉴定证书、检测报告、用户使用报告等）；
4、高新技术企业认定证书（限高新技术企业提供）；
5、国家专卖、专控及特殊行业的产品，须附相关主管机构出具的批准证明；
6、留学人员投资（含独资和合资）创办的企业，须提供留学就读学校出具的学位（学历）证书、本人有效身份证明、投资资金证明或股权证明、中国驻外使领馆教育处或省级以上留学人员服务中心出具的有效证明文件等文件；
7、能说明项目知识产权归属及授权使用的具有法律效力的证明文件（如：专利证书，软件著作权登记证书、技术合同等）。企业与技术持有单位合作的项目签定技术合同时，技术持有单位必须是具有法人资质的单位；
8、与项目和企业有关的其它参考材料（如环保证明、奖励证明、用户定单、产品照片等）；
9、曾列入国家科技经费支持的科技计划项目，必须提供有关的立项批准文件和验收结论证明。
以上材料一式两份，以A4纸格式装订（另外报送全套没有装订的附件原件资料）。
