--构建创新体系。加快建成知识创新国内领先、技术创新特色显著、军民科技有效结合、科技中介服务功能完善的具有南京特色的区域创新体系，使南京自主创新能力和科技综合实力位居全国前列。
--集聚科技精英。强化创新创业载体，构筑创新创业公共服务平台，聚集创新创业科技资金，广引全球创新创业人才，为南京实现创新驱动发展提供强有力的科技人才保障。
--引领跨越发展。加速科技资源优势向现实生产力优势转化，实现创新竞争力大幅提高，高新技术产业快速发展，为调优调高产业结构、转变发展方式、培育城市核心竞争力提供科技引领支撑。
三、战略目标
通过科技体制综合改革，使南京创新要素更加集聚，创新机制更加灵活，创新能力更加强劲，创新氛围更加浓厚，创新环境更加优化，创新成果更加丰富，科技人才优势更好发挥，成为科技资源高效运用和创新活力竞相迸发的知识创新中心、高新技术研发和产业化中心、科技人才集聚中心，加快实现南京经济社会发展由要素驱动型向创新驱动型转变，成为全国一流、国际有影响的科技创新型中心城市。
到 2010年，全社会研发投入占地区生产总值比重提高到 3%以上，部分主城区达到 5%以上，高新技术产业产值占全市规模以上工业总产值比重超过45%，科技进步贡献率达到55%，成为长三角科技创新型中心城市。
到 2015年，全社会研发投入达到5%以上，部分主城区达到 7%以上，高新技术产业产值占全市规模以上工业总产值超过50%，科技进步贡献率达到60%。南京区域产学研合作技术创新体系和科技创新体系基本完善，创新能力、创新成果等方面居国内领先水平，建成全国一流的科技创新型中心城市。
到 2020 年，全社会研发投入大幅度增加，创新能力大幅度增强，形成一批具有国际影响力的创新型企业，拥有一批处于国际前沿的科技创新人才，建成国际有影响的科技创新型中心城市。
四、重点任务
（一）创新科技管理统筹协调机制，促进科技资源集聚和优化配置
1、建立健全合理配置科技资源的统筹机制。发挥南京政产学研金联席会议制度的作用，加强政府部门、高等院校、科研院所、金融机构和企业之间沟通和全面合作，打破条块分割，建立科技创新统筹协调机制，优化配置区域科技资源。完善政府科技管理和服务手段，加强南京市科技成果转化中心建设，设立行政服务平台，对科技型企业从初创到发展中有关工商登记注册、税务登记、高新技术成果转化项目认定、立项，以及优惠政策落实等提供“一门式”服务。完善政府科技计划体系，建立以市场需求为导向，产业化与应用开发相结合、重大专项与一般计划相结合的科技计划体系。创新科技计划项目审批和监督机制，实施科技计划项目管理和科技经费管理的职能分离，建立项目绩效跟踪评价制度，进一步推动中介机构对科技计划项目的监理。
