（一）无偿资助：主要用于技术创新产品在研究、开发及中试阶段的必要补助。申报的企业须同时具备以下条件：
1、注册资本最低不少于30万元；
2、职工人数不超过300人；
3、资产总额不高于3000万元；
4、年营业收入不超过3000万元；
5、申报的项目，目前尚未有销售或仅有少量销售。
6、项目计划新增投资在1000万元以下，资金来源确定，投资结构合理。在项目计划新增投资中，企业必须有与申报地方资金、创新基金数额等额以上的自有资金匹配；一般情况下，企业申报资助数额不应大于企业的净资产数额。
项目执行期为两年，项目计划实现的技术、经济指标应按满两年进行测算（执行期从项目申报之日起计）；项目完成时要形成一定的生产能力，并且在项目完成时实现合理的销售收入；一类新药项目的执行期可以适当放宽至三年，药品项目完成时可以没有销售收入等经济指标，但必须有明确的、可以考核的目标，如：受理通知书、临床批文、新药证书等，详见《指南》生物、医药领域相关要求。
（二）贷款贴息：主要用于支持产品具有一定的创新性，需要中试或扩大规模，形成批量生产，银行已经给予贷款的项目；2009年度贷款贴息项目以2008年1月1日起至项目申报之日内企业与银行签订的贷款合同为准。申报的企业须同时具备以下条件：
1、职工人数不超过500人；
2、资产总额不高于5000万元；
3、年营业收入不超过5000万元；
4、项目计划新增投资额一般在3000万元以下，资金来源基本确定，投资结构合理，项目执行期为二年以上、三年之内（执行期从项目申报之日起计）；
贴息总额可按贷款有效期内发生贷款（近期完成投资额加上计划新增投资额中的贷款部分）的实际利息计算。
注意：符合初创期小企业创新项目的，申报一般创新项目不予受理。
三、申报程序
（一）企业注册程序
1、在创新基金网站（网址http：//www.innofund.gov.cn）上登录“创新基金网络管理系统”，在线填写企业注册信息（服务机构选择“南京市科技开发交流中心”，即现在的“南京市科技成果转化服务中心”）；
2、下载法律文书、注册信息表，法人代表签字，企业加盖公章；
3、将企业注册资料（包括：加盖企业公章的企业注册承诺书、企业注册信息表以及企业营业执照、国税登记证、地税登记证、企业章程、验资证明等复印件一并送交服务机构；
4、经审验合格后，服务机构进行初级激活，企业完成注册。
