根据上述职责，四川省人民政府宗教事务局设5个内设机构：
（一）办公室（人事监察处）。
协助局领导协调机关各项工作，督促检查重要事项的落实；负责机关文电、会务、机要、档案、安全保密、信访、信息、宣传报道和机关财务、基建、设施设备、固定资产、后勤物资管理等工作；指导监督事业单位财务工作；负责机关和直属单位的机构编制、人事、纪检监察工作；负责机关离退休人员工作；承办局机关及直属单位党群组织的具体工作；承担宗教工作队伍和有关人员培训规划的拟订和组织实施工作。
（二）政策法规处（外事处）。
起草宗教事务方面的法规草案并承担督促检查工作；研究综合性政策问题，拟订具体政策措施；组织推动宗教政策、法律法规的宣传教育和贯彻实施；承担宗教外事管理和有关审核工作，指导各地和宗教团体对外以及对港澳台的宗教交往工作；帮助宗教团体办好宗教院校。
（三）业务一处。
承办佛教、道教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导佛教、道教团体依法依章开展工作；联系佛教、道教界人士；指导各级政府宗教事务部门依法对佛教、道教事务进行管理。
（四）业务二处。
承办天主教、基督教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导天主教、基督教团体依法依章开展工作；联系天主教、基督教界人士；指导各级政府宗教事务部门依法对天主教、基督教事务进行管理。
（五）业务三处。
承办伊斯兰教、藏传佛教事务管理工作，调查研究并提出政策建议；指导伊斯兰教、藏传佛教团体依法依章开展工作；联系伊斯兰教、藏传佛教界人士；指导各级政府宗教事务部门依法对伊斯兰教、藏传佛教事务进行管理；指导协调穆斯林聚居区和散居区的有关问题；承担伊斯兰教朝觐事务等有关管理工作。承办其他宗教、民间信仰事务管理工作，配合有关部门做好防范和处理邪教工作。
机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作。其具体工作由办公室承担。
四、人员编制和领导职数
四川省人民政府宗教事务局机关行政编制为38名。其中：局长1名、副局长2名；设置纪检（监察）专员1名，与机关党委书记交叉兼职，按省委规定配备；正处级领导职数6名，副处级领导职数5名。
单列管理行政编制1名；单列管理军队转业干部行政编制3名。
