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拟定卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策的建议；组织拟定全市卫生装备管理办法和标准；拟定药品和医疗器械采购相关规范；承担市重要会议及重大活动的医疗卫生保障工作；负责机关和直属单位财务管理、国有资产监督与内部审计工作。
（二）卫生应急办公室。
承担指导协调全市卫生应急工作，拟定卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、培训演练、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织指导对重大突发公共卫生事件和其他突发事件预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；报告突发公共卫生事件应急处置信息。
（三）基层卫生与疾病预防控制科。
拟定妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
承担综合管理农村基本卫生保健的新型农村合作医疗保障工作，拟定有关政策、规划并组织实施。指导全市农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
拟定全市重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承办地方病预防控制的相关工作；承担防治艾滋病的相关工作。
（四）医政科。
组织指导实施医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。
建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；拟定城市医疗支援农村医疗工作的政策并组织实施；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，推进公立医院管理体制改革。
拟定医药卫生科技发展规划；组织协调国家和省、市重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
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