组织实施全市主要污染物排放总量控制、排污许可证、排污交易和环境统计制度；提出总量控制计划；承担总量减排调度、监督、审核、考核工作，并定期公布考核情况；承担环境统计和污染源普查工作；负责核准节能减排财政和价格补贴相关工作；组织测算并确定区域、流域环境容量；组织编制环境统计年报和统计报告。
（四）污染防治科。
组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、危险废物、化学品、机动车、饮用水源地等污染防治法规和规章；组织实施危险废物、医疗废物及电子等工业废物排污申报登记、跨界河流断面水质考核、污染源限期治理、末位淘汰、城市环境综合整治定量考核、清洁生产强制审核、上市及再融资环境保护核查等环境管理制度；组织拟定有关污染防治专项规划并监督实施；查处违法排污行为。
（五）综合监督科。
负责监督管理全市建设项目“三同时”制度执行情况，组织开展国家及省、市级审批的建设项目试生产管理和市级审批的建设项目环境保护验收工作；开展建设项目违反“三同时”制度的查处工作；组织开展建设项目环境工程监理工作，对监理单位实施监督管理。 对县区人民政府执行环保法律、法规情况进行监督；组织拟定重大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调区域环境污染纠纷；牵头环保系统信访、公众举报工作；负责环境执法后督察和挂牌督办；承担行政效能、政务公开等工作。
（六）朔州经济开发区分局。
负责朔州经济开发区内环境保护的监督管理。
另设监察室，与纪检组合署办公，一套机构，两块牌子。
四、人员编制
市环境保护局机关行政编制为14名。其中：局长1名、副局长3名，纪检组长1名，总工程师1名；正副科级领导职数7名。
核定机关工勤人员全额事业编制1名。
五、其他事项
（一）环境保护（除核与辐射外）执法监察的具体工作由市环境监察支队承担。
（二）水污染防治与水资源保护的职责分工。市环境保护局负责水环境质量和水污染防治，市水务局负责水资源保护。两部门要进一步加强协调与配合，建立局际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。市水务局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与市环境保护局协商一致。
