（六）承担海洋环境保护和修复的责任。组织海洋资源环境调查、监测、监视、评价和信息发布，组织实施重点海域排污总量控制制度，监督海洋倾废，配合有关部门监督陆源污染物排海，负责海洋和渔业水域生态环境保护管理、水生生物资源保护管理，监督管理海洋、渔业自然保护区和特别保护区，负责保护修复典型性、代表性海洋生态系统，管理国家分工的海洋自然资源和相关的滨海湿地保护。
（七）承担海洋环境观测预报、海洋灾害预警预报和渔业防灾减灾的责任，负责海洋与渔业突发公共事件应急工作。
（八）组织落实渔业和渔区发展政策措施，指导渔业产业结构调整、产品品质改善、渔业产业化和可持续发展，组织开展水生生物疫病防控工作，组织生态渔业的指导服务和监督管理，实施符合安全标准的水产品认证，负责初级水产品生产环节质量安全监管，发布水产品质量安全信息，组织指导渔业基础设施建设。
（九）负责渔业许可和渔港、渔船、渔机、渔具渔法和渔业电信的监督管理，组织实施伏季休渔制度，承担远洋渔业管理工作。
（十）组织实施“科技兴海”、“科技兴渔”战略，组织海洋与渔业科学技术研究和应用推广，组织实施海水利用和海洋可再生能源研发应用，承担海洋与渔业科技创新体系和数字海洋建设。
（十一）组织开展海洋与渔业方面的对外交流与合作。
（十二）承担海洋监察、渔政管理、渔港监督和渔业船舶监督、检验的责任。负责辖区内的巡航监视、监督管理，查处违法活动，维护国家海洋与渔业权益，管理市海洋与渔业执法队伍，指导渔业安全生产工作。
（十三）承办市委、市政府和上级有关部门交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市海洋与渔业局设6个科（室）：
（一）办公室（政策法规科）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；组织海洋战略研究；起草有关地方性法规、规章草案和政策措施，承办有关规范性文件的合法性审核和规章、规范性文件评估工作；承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作。
（二）海域与海岛管理科（资源环境管理科、海洋综合开发协调科）
拟订海域使用和海岛保护技术规范及开发利用规划；组织海域界线、海岸线勘定和管理；实施海域使用权属制度、海域有偿使用制度和海洋功能区划制度；审核海域使用项目；承担无居民海岛保护和管理工作；审核并监督管理海底电缆、管道铺设及海上人工构筑物设置；指导海域使用权流转和海域使用动态监视监测体系建设；组织实施海洋与渔业资源、生态环境的保护、修复和管理，指导、组织海洋与渔业资源环境的监测、监视、评价并负责信息发布；拟订并组织实施重点海域排污总量控制制度，监督海洋倾废，配合有关部门监督陆源污染物排海，负责海洋与渔业保护区的管理工作；承办海洋与渔业水域污染事故调查处理和国家索赔工作；负责水生野生动植物管理工作，监督管理外来水生生物物种安全；指导监测、评估海洋灾情和海洋防灾减灾工作及拟订应急预案；承担海岸带开发利用的管理和保护的有关工作；承担报国家和省审批重大用海项目的协调工作。
