1、对照县级政府所报的清理水利企事业单位和水利设施名单，联动检查工作组要进行抽查（抽查率不低于50％），查看对已列入清理销号名单的水利企业、设施是否真正清理；是否已达到有关规定标准；是否明确了跟踪检查的部门和责任人。对列入清理名单未真正清理弄虚作假的，或经群众举报以及检查中发现在县级政府上报关闭清理名单之外的水利企业、工程设施，不仅要依法追究非法生产经营单位有关人员的法律责任，还要追究地方政府及相关部门负责人的责任。
2、对照县级政府所报的已停产停业整顿的水利生产经营单位名单，联动检查工作组在专家的指导下，对证照不全的或者存在重大事故隐患的单位进行全面检查诊断，区别情况采取不同措施。对于虽然证照不全，但相关证照正在办理过程中的生产经营单位，确定为保留单位，督促其尽快办理相关审批手续，但在未依法取得证照之前，不得擅自从事生产经营活动；对于虽然取得邵分证照，但经专家认定，不符合国家有关规定和标准，不符合安全生产条件的，应列入清理名单，由当地政府组织清理；对存在重大事故隐患而被责令停产停业整顿的水利企业，经专家认定，经过整改消除隐患后可达到安全生产条件的，联动检查工作组要指导帮助其制订切实可行的整改方案，并督促其限期整改，整改结束后，由设市人民政府组织验收，并经分管副市长主分管安全生产副市长签字后，方可恢复生产经营；对经专家认定隐患严重，无法经过整改达到安全生产条件的，也要列入清理名单，由当地政府组织清理。
3、对照县级政府所报的证照齐全、正常生产经营的水利企业、水利设施名单，联动检查工作组在专家的指导下，对每个单位进行检查诊断，区别不同情况采取不同措施。对于证照齐全合法有效，且整体符合安全条件的单位，督促其依法搞好生产经营活动；对于存在事故隐患的单位，联动检查工作组要提出整改见和措施：对于虽然取得了国家要求的各种证照，但在检查中，发现其严重不符合国家规定的各种证照应具备的安全生产条件或弄虚作假骗取有关证照的，检查组要提出暂扣或吊销证照的建议，由有关发证部门依法审查处理，同时要建议由监察部门依法追究相关单位、相关人员的责任。
联动检查工作组要对所检查的所有水利企业及工程设施分类整治情况详细列表登记，并由有关专家和专业技术人员、监管人员和检查工作组组长签字。对各县（市、区）的检查结果，都要分类汇总，经专家和专业技术人员、临管人员和检查工作组组长签字后上报市水利行业安全生产专项整治领导组办公室。
六、专项整治的步骤
全市水利行业专项整治工作分四个阶段进行
第一阶段：安排部署和宣传发动阶段（1个月）
