方式一：先对厂区上盖补偿，厂区土地的补偿在土地出让后按（土地成交总额×厂区的土地面积/改造范围面积-上盖补偿）×40% 计算支付。
方式二：上盖和土地均暂不补偿，土地出让后，按土地成交总额×厂区的土地面积/改造范围面积×60% 计算支付。
其中厂区土地面积为旧厂国有土地使用权证登记的建设用地面积（登记后用地范围有调整、未办理变更登记的，以调整后的面积为准），改造范围面积为该旧厂项目所属的“三旧”改造专项规划片区范围内的建设用地面积。
七、“三旧”改造项目土地出让价格的确定
（一）自行改造项目土地出让价格的确定
自行改造的旧村庄项目，土地出让价按地块所在区段的基准地价修正后计算，由市或新会区政府按照省政府《关于建立土地管理共同责任制度的通知》（粤府［2008］100号）规定，建立建设用地审批（审核）会审制度集体决策确定。基准地价标准及修正计算办法按照现行基准地价有关规定执行（附件2）。
自行改造的旧城镇、旧厂房项目，土地出让价应在评估价的基础上，由市或新会区政府按照省政府规定的土地审批制度集体决策确定。
（二）公开出让项目土地出让底价的确定。
出让底价应在确定规划建设条件的前提下，通过评估机构评估净地出让价格后，按照省政府规定的土地审批制度集体决策确定。出让底价不能低于各项成本之和。
评估价是指假定改造范围是平整、无上盖物的土地，在“三旧”改造规划方案确定的各项建设指标条件下，参照市场价格和基准地价，由评估机构评估的新规划下的土地总价（单价用楼面地价表示）。
八、供地
经批准的“三旧”改造方案，交国土资源部门制定供地方案。供地方案按照市区土地管理委员会2008年11月25日召开的会议议定的审议程序（《纪要》0802号）审核，市政府批准后，按程序供地。新会区的供地方案，市政府委托新会区政府审批。属协议出让土地的，出让前要按规定公示。
九、“三旧”改造支持政策
（一）财政方面。
旧村庄改造的，土地出让纯收益的60%由市财政或新会区财政支出专项用于支持原农村集体经济发展，旧村庄改造土地出让纯收益剩余的40%和旧城镇改造土地出让纯收益，由财政扣除必要的支出和计提后，全部留给区政府。区留成部分应设立专帐核算，用于市政基础设施建设和维护。
土地出让纯收益是土地出让收入扣除土地成本（包括集体建设用地征收为国有建设用地所需的一切费用、拆迁安置费用、收回国有土地成本等）及应上缴国家和省的有关税费后剩余的土地收益。
（二）规划方面。
1．按照城市规划要求，符合消防、抗震安全、城市道路等有关规定，在满足功能配套需要的前提下，对为社会公众提供开放空间的项目，可按有关规定适当提高建筑容积率，因地制宜地制定规划指标。
2．对现有工业用地改造后不改变原用途的，在符合规划和现行国家规范前提下，综合考虑不同地块的环境状况、历史人文和物业特点，鼓励适度提高工业用地建筑容积率。提高容积率的，不再增缴土地出让金。
3．符合规划，旧厂房原有建筑质量好、规划可以改为商业、办公等建筑使用的，可保留原有建筑物，按有关规定补交土地出让金后办理变更土地性质和建筑物使用性质手续。
（三）土地方面。
1．纳入“三旧”改造专项规划改造范围，符合土地利用总体规划且已使用、但没有办理合法用地手续的建设用地，按以下情况分别处理：
（1）用地行为发生在1987年1月1日以前的。由市国土资源部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局1995年3月11日发布的《确定土地所有权和土地使用权的若干规定》进行确权，办理国有建设用地确权登记手续。
（2）用地行为发生在1987年1月1日至2007年6月30日之间的，已对农村集体经济组织签订补偿协议且作了补偿，没有因征地补偿安置等问题引发纠纷，迄今被征地农民无不同意见的，可按用地发生时的土地管理法律政策落实处理（处罚）后按土地现状办理征收手续，向省以上人民政府申请补办征地手续。用地行为发生时法律和政策没有要求听证、办理社保审核和留用地安排的，在提供有关历史用地协议或被征地农村集体同意的前提下，不再要求举行听证、办理社保审核和留用地安排。
（3）没有合法用地手续，符合土地利用总体规划而又保留为集体性质的土地，参照上述条款进行确权登记或向省政府申请补办农地转用手续。
2．在“三旧”改造中规划边沿地带，单块面积小于3亩，累计面积不超过改造项目用地面积10％的零碎地块，如为集体土地，需向省政府申请办理农地转用或土地征收手续，在提供有关证明材料的前提下，可不再举行听证、办理社保审核和安排留用地。其他方面按现行征转用手续程序办理。
上述有关完善历史用地手续的规定执行至2012年底，各地应争取尽早报批。
（四）建设方面。
1．旧村庄自行改造项目，在原地块内建设安置住房时，可按原拆除合法住宅对等面积免收城市基础设施配套费（不包括拆除的临建、违建面积）。旧厂房改造项目，在异地兴建厂房的，可按原拆除合法厂房对等面积免收城市基础设施配套费。
