军事区是指由于军事需要，现已使用或者在区划的有效时段内随着军事发展预期需要占用的岸段和水域。钦州市军事区1个，即龙门军港区。
排污区是指经当地人民政府批准在河口或直排口附近海域划出一定范围用以受纳指定污水的区域。排污区3个，包括金鼓江污水深海排放区、大榄坪污水深海排放区和三敦污水深海排放区。在现状COD浓度背景值条件下，三个排污口CODMn最大排放量分别为6600t/a、6600t/a和13200t/a。
倾倒区是指用来倾倒疏浚物或固体废弃物的海区。钦州市倾倒区2个，包括钦州港临时倾倒区和三娘湾南部永久性海洋倾倒区。考虑到未来钦州发展需要，需要再在区划范围之外选划倾倒区。
第十九条 【保留区】
保留区是指目前尚未开发利用，且在区划期限内也不宜开发利用的海域。保留区2个，即樟木岭港口预留区和大风江港口预留区。
第四章 实施措施
第二十条 【海域使用管理】
新项目用海，必须符合海洋功能区划。牢牢把握海域资源及环境容量有限的原则，对项目用海的必要性进行认真审查，除有利于提高钦州市港口资源、滨海旅游资源和渔业资源利用效率以及符合相关产业政策的、确实需要用海的临海产业项目外，对于可用也可不用海的项目，不予审批用海；坚持集约用海的原则，根据海洋功能区划和相关规划，不断优化用海项目布局。对与规定的海洋功能相兼容的其他功能新项目用海，在主导功能未实施前允许在一定时限内使用，期限届满后视具体情况再予以决定是否予以续期。涉海工程建设项目可行性研究阶段，应当编制海域使用论证报告，重点论证项目用海是否符合海洋功能区划、以及对相邻海洋功能区划实施的影响和区划附近现有海域使用的兼容性关系，制订对所在海域内现有已用海项目的调整和补偿措施，报县级以上海洋行政主管部门组织审查。对不符合海洋功能区划且不能兼容的新项目用海，各级海洋行政主管部门不予办理海域使用手续。
要加强对海洋功能区的维护，定期评价海洋功能区的变化和对相邻海洋功能区的影响。充分利用正在建设的海域使用动态监视监测系统，加强海域动态监视监测，及时了解海域使用状况。新建涉海工程，应在项目竣工时提交海域使用竣工报告，报告海域使用竣工坐标范围、所在和毗邻海域的海洋资源环境特征等海洋功能区属性变化等情况；并在项目竣工后根据要求定期进行海洋功能区影响后评估。
第二十一条 【海洋环境保护】
钦州市海洋行政主管部门应会同相关主管部门依据钦州市海洋功能区划，制订海洋环境保护规划，加强陆源入海污染物治理和海洋生态环境保护，实施海洋生态资源修复工程，以使海洋功能区海洋生态环境达到海洋功能区划的各项要求。
海洋和海岸工程建设项目、入海排污口位置的选择、倾废区的选划等涉及海洋环境保护的，必须符合海洋功能区划，并编制海洋工程环境影响评价报告书（表），报海洋行政主管部门组织审查。开发利用海岛及周围海域的资源，应当依据海洋功能区划，并采取严格的生态保护措施，不得造成海岛地形、岸滩、植被以及海洋生态环境的破坏。对达不到海洋功能区划规定的海洋生态环境保护要求和海水水质保护标准要求的，要采取补救措施，限期进行整治和恢复，实行资源环境损害的生态补偿机制。
排污区等海洋功能区形成的水质混合区等不得影响相邻海洋功能区。根据《中华人民共和国国家标准污水综合排放标准》（GB8978－1996），排入二类海水水质保护标准的污水，执行一级标准；排入三类海水水质保护标准的污水，执行二级标准；一类海水水质保护标准海域，禁止新建排污口，现有排污口应按海洋功能区要求，实行污染物总量控制，以保证受纳水体水质整体符合规定的海水水质保护标准要求。因钦州港工业区主导工业为石油和化学工业、能源工业、造纸、粮油加工、冶金、修造船等，应切实加强对上述工业企业排污的管理。
